La iglesia de San Nicolás en el callejón de Starovagankovsky es conocida desde el siglo XVI, cuando aquí se encontraba la residencia del monasterio de Nikolo-Peshnoshsky. El templo ha sido reconstruido en varias ocasiones. A finales del siglo XVII, era de tres altares y tenía dos capillas: en honor al venerable Sergio de Radonezh y a los 40 mártires de Sebaste.

La actual iglesia de piedra fue construida alrededor de 1759, cuando el terreno pertenecía a A.A. Menshikov. En 1782, el terreno fue adquirido por P.E. Pashkov, y entonces se le añadió un campanario, y en 1792, una cerca de piedra.

La historia de la iglesia está estrechamente relacionada con la historia de la Casa Pashkov.

Durante la invasión de Napoleón en 1812, el templo sufrió un incendio y fue saqueado. Sin embargo, ya en 1814, gracias a los esfuerzos de los feligreses, fue restaurado y consagrado.

Cuando en 1843 la Casa Pashkov fue ocupada por el Instituto de Nobleza, la iglesia se convirtió en la capilla del instituto, luego de la 4ª gimnasiada y, finalmente, en "museística", después de que en 1862 se estableciera el Museo Rumyantsev en la Casa Pashkov.

Los contemporáneos recuerdan que en la iglesia del Instituto de Nobleza, a Gogol le gustaba orar.

En 1896, el sacerdote Leonid Mijailovich Chichagov se convirtió en el rector del templo, gracias a quien la iglesia adquirió notoriedad en Moscú. Hoy en día, alberga íconos y frescos realizados por el padre Leonid Chichagov.

Gracias a los esfuerzos del padre Leonid, fue canonizado el venerable Serafín de Sarov. En 1898, el padre Leonid tomó los votos monásticos en la Lavra de la Santísima Trinidad de Sergio, y en 1937 fue fusilado en el polígono de Butovo. En 1997, fue canonizado como el santo mártir metropolitano Serafín (Leonid Chichagov).

En 1902, la iglesia fue renovada y se construyó un campanario de tipo pskoviano según el proyecto del arquitecto G.P. Evlanov.

Desde 1905, gracias a los esfuerzos del director del Museo Rumyantsev, I. Tsvetaev, se creó el Consejo de Patronato de la iglesia de San Nicolás.

Después de la revolución, el templo fue cerrado, en 1926 fue saqueado y parcialmente destruido.

En la década de 1930, la iglesia se utilizó como almacén de la Biblioteca Lenin.

La restauración y recuperación del templo comenzaron en la década de 1980 bajo la dirección de los arquitectos A. Klimenko y B. Moginov.

En 1992, se reanudaron los servicios religiosos aquí, y el templo fue entregado a la Iglesia Ortodoxa Rusa.