Die Kirche des heiligen Nikolaus in der Starowagankowski-Gasse ist seit dem 16. Jahrhundert bekannt, als hier das Untergeschoss des Nikolopeshnoshsky-Klosters war. Der Tempel wurde mehrfach umgebaut. Ende des 17. Jahrhunderts hatte er drei Altäre und zwei Kapellen: zu Ehren des heiligen Sergius von Radonesch und der 40 Märtyrer von Sebaste.

Die moderne Steinkirche wurde um 1759 erbaut, als das Grundstück A.A. Menshikov gehörte. 1782 erwarb P.E. Pashkov das Grundstück, und dann wurde an die Kirche ein Glockenturm angebaut, und 1792 eine steinerne Umfriedung.

Die Geschichte der Kirche ist eng mit der Geschichte des Pashkov-Hauses verbunden.

Während der Napoleonischen Invasion im Jahr 1812 wurde die Kirche durch ein Feuer beschädigt und geplündert. Doch bereits 1814 wurde sie dank der Bemühungen der Gemeindemitglieder wiederhergestellt und geweiht.

Als 1843 das Pashkov-Haus vom Adelsinstitut eingenommen wurde, wurde die Kirche zur Instituts-Kirche, dann zur Kirche der 4. Gymnasiums und schließlich zur „Museums-Kirche“, nachdem 1862 das Rumjanzew-Museum im Pashkov-Haus untergebracht wurde.

Zeitgenossen erinnern sich, dass Gogol gerne in der Kirche des Adelsinstituts betete.

1896 wurde der Priester Leonid Michailowitsch Tschitschagow zum Pfarrer der Kirche, wodurch die Kirche in Moskau bekannt wurde. Heute beherbergt sie Ikonen und Wandmalereien, die von Vater Leonid Tschitschagow geschaffen wurden.

Durch die Bemühungen von Vater Leonid wurde der heilige Seraphim von Sarow kanonisiert. 1898 trat Vater Leonid in das Kloster der Heiligen Dreifaltigkeit in Sergiew Possad ein und wurde 1937 auf dem Butowski-Poligon erschossen. 1997 fand seine Kanonisierung als heiligen Märtyrer Metropolit Seraphim (Leonid Tschitschagow) statt.

Im Jahr 1902 wurde die Kirche renoviert, und es wurde ein Glockenturm im Pskov-Stil nach dem Entwurf des Architekten G.P. Jewlanow errichtet.

Seit 1905 wurde dank der Bemühungen des Direktors des Rumjanzew-Museums I. Zwetajew ein Kuratorium für die Kirche des heiligen Nikolaus gegründet.

Nach der Revolution wurde die Kirche geschlossen, 1926 geplündert und teilweise zerstört.

In den 1930er Jahren wurde die Kirche als Lager der Lenin-Bibliothek genutzt.

Die Restaurierung und Wiederherstellung der Kirche begann in den 1980er Jahren unter der Leitung der Architekten A. Klimenko und B. Moginow.

1992 wurden die Gottesdienste hier wieder aufgenommen, und die Kirche wurde der Russisch-Orthodoxen Kirche übergeben.