Lors d'une assemblée municipale à Lygov, il a été décidé de construire une église en l'honneur de Saint Nicolas le Miracle, pour commémorer le sauvetage miraculeux de la famille impériale lors d'une catastrophe ferroviaire. La construction a duré de 1888 à 1911 et a été réalisée grâce aux dons des habitants. Des marchands célèbres de Lygov ont joué un rôle important dans ce processus : les Pafnoutiev, les Konchins, les Krygins, les Gaditskys et les Zhbankovs. Les briques pour l'église provenaient d'une usine voisine, et l'intérieur se distinguait par sa richesse. Le retable a été créé d'après des esquisses de N.D. Bartram dans un célèbre atelier de Sémenov à Moscou.

Après la révolution, des services religieux ont continué dans l'église, mais après le décret sur la confiscation des biens ecclésiastiques en 1922, les autorités ont à plusieurs reprises saisi les biens de l'église. Dans les années 1930, l'église a été fermée et les services religieux ont cessé.

Pendant la Grande Guerre patriotique, lorsque Lygov a été occupé de 1941 à 1943, l'église a rouvert et les services religieux ont repris. Depuis lors, ils se poursuivent jusqu'à ce jour.