Auf der Stadtagenda in Ljgowo wurde beschlossen, eine Kirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra zu bauen, um die wunderbare Rettung der kaiserlichen Familie bei einem Eisenbahnunglück zu verewigen. Der Bau dauerte von 1888 bis 1911 und wurde durch Spenden der Bürger finanziert. Eine wichtige Rolle in diesem Prozess spielten die bekannten Ljgowo-Kaufleute: Pafnutjew, Konschin, Krygin, Gadizki und Shbankov. Die Ziegel für die Kirche wurden von einer nahegelegenen Fabrik geliefert, und die Innenausstattung zeichnete sich durch Reichtum aus. Der Ikonostase wurde nach Skizzen von N.D. Bartram in der bekannten Moskauer Semjonowskaja-Werkstatt geschaffen.

Nach der Revolution fanden in der Kirche weiterhin Gottesdienste statt, aber nach dem Dekret über die Beschlagnahme kirchlicher Werte im Jahr 1922 beschlagnahmten die Behörden mehrfach das Eigentum der Kirche. In den 1930er Jahren wurde die Kirche geschlossen und die Gottesdienste eingestellt.

Während des Zweiten Weltkriegs, als Ljgowo von 1941 bis 1943 besetzt war, wurde die Kirche erneut eröffnet und die Gottesdienste wieder aufgenommen. Seitdem finden sie bis heute statt.