Le village d'Ilysk a commencé son histoire en 1863 avec la fondation de la stanitsa d'Ilysk, qui faisait partie du régiment d'Abyssin. Le premier archiprêtre était Efim Petrovich Timofeievski. La même année, une chapelle a été construite sur la place de la stanitsa, et un an plus tard, à sa place, une maison de prière au nom de saint Nicolas a été érigée, représentant un bâtiment en bois. 150 dessiatines de terre ont été allouées au clergé, dont 50 dessiatines étaient ecclésiastiques.

Dix ans plus tard, en 1873, l'église de saint Nicolas a été construite. Pour sa construction, l'armée a alloué 10 000 roubles, et les paroissiens ont collecté 6 000. L'église, bien que en bois, reposait sur des fondations en pierre, avait la forme d'une basilique, deux dômes et un clocher en forme de tente. L'autel a été décoré par des moines iconographes de Palekh et du Monastère de la Trinité. En 1896, l'église a été agrandie grâce à des fonds publics et ecclésiastiques. Le clergé, augmenté en 1893, comprenait deux prêtres, un diacre et deux psalmistes. Les noms des prêtres connus par des documents conservés sont : Georgy Semenovski (1867), Stefan Kliuchevski (1869), Fedor Karpinski (1887), Lev Dmitrievich Chalenko (1890), Dmitry Ivanovich Mikhailov (1910).

Avec l'arrivée du pouvoir soviétique, la vie dans la stanitsa a changé. En 1933, la destruction des églises dans le district de Seversk a commencé. La première à être détruite a été l'église de la stanitsa Grigoryevskaya, et les dernières en 1939, les églises d'Ilysk et de Seversk. L'église Saint-Nicolas a été transformée en maison de lecture, puis en maison de culture. Les prêtres ont également été persécutés. Selon un rapport du tribunal régional du 25 mai 2006, Mikhail Timofeievich Estratov, originaire de la stanitsa de Novotroitskaya, qui travaillait comme prêtre à l'église Nikolaevskaya, a été arrêté le 30 janvier 1938 et condamné pour participation à une organisation contrerévolutionnaire ecclésiastique-monarchique. Il a été exécuté le 8 février 1938, mais a été entièrement réhabilité en 1956.

Après la guerre, le bâtiment de l'église a été utilisé comme maison de culture. Le 12 août 1990, lors d'une réunion des habitants d'Ilysk, il a été décidé de transférer le bâtiment aux croyants pour en faire une église jusqu'au 1er octobre 1990, de déplacer la piste de danse, de transférer à l'église une partie des terres adjacentes et le bâtiment de la loge. Cette proposition a été soutenue à l'unanimité.

En août 1990, le RIK de Seversk a enregistré la communauté de l'Église orthodoxe russe à Ilysk, et en mai 1991, un terrain de 6100 m² a été alloué. Le principal autel de l'église a été consacré en l'honneur de saint Nicolas, le saint et miracle, et le droit, en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan.