El pueblo de Ilysk comenzó su historia en 1863 con la fundación de la stanitsa de Ilysk, que formaba parte del regimiento de Abinsk. El primer supervisor fue Efim Petrovich Timofeevski. Ese mismo año se construyó una capilla en la plaza de la stanitsa, y al año siguiente apareció en su lugar una casa de oración en nombre del Santo Nicolás, que era un edificio de madera. Se asignaron 150 desiatinas de tierra al clero de la iglesia, de las cuales 50 eran eclesiásticas.

Diez años después, en 1873, se construyó la iglesia del Santo Nicolás. Para su construcción, el ejército asignó 10 mil rublos, y los feligreses recolectaron 6 mil. La iglesia, aunque de madera, se erguía sobre un cimiento de piedra, tenía forma de basílica, dos cúpulas y un campanario de tipo pagoda. El altar fue decorado por monjes iconógrafos de Palekh y del Monasterio de la Trinidad. En 1896, la iglesia fue ampliada con fondos públicos y eclesiásticos. El clero, aumentado en 1893, incluía dos sacerdotes, un diácono y dos salmistas. Según documentos conservados, se conocen los nombres de los sacerdotes: Georgy Semyonovsky (1867), Stefan Klyuchevsky (1869), Fyodor Karpinsky (1887), Lev Dmitrievich Chalenko (1890), Dmitry Ivanovich Mikhailov (1910).

Con la llegada del poder soviético, la vida en la stanitsa cambió. En 1933 comenzó la destrucción de iglesias en el distrito de Seversk. La primera en ser destruida fue la iglesia de la stanitsa Grigoryevskaya, y las últimas en 1939, las iglesias de Ilysk y Seversk. La iglesia de San Nicolás se convirtió en una casa de lectura, luego en una casa de cultura. Los sacerdotes también fueron perseguidos. Según un informe del tribunal regional del 25 de mayo de 2006, Mikhail Timofeevich Estratov, originario de la stanitsa Novotroitskaya y que trabajaba como sacerdote en la iglesia de Nikolaev, fue arrestado el 30 de enero de 1938 y condenado por participar en una organización contrarrevolucionaria eclesiástica-monárquica. Fue fusilado el 8 de febrero de 1938, pero en 1956 fue completamente rehabilitado.

Después de la guerra, el edificio de la iglesia se utilizó como Casa de Cultura. El 12 de agosto de 1990, en una reunión de los habitantes de Ilysk, se decidió transferir el edificio a los creyentes para la iglesia hasta el 1 de octubre de 1990, trasladar la pista de baile, ceder a la iglesia parte del terreno adyacente y el edificio de la caseta del guardia. Esta propuesta fue apoyada unánimemente.

En agosto de 1990, el RIK de Seversk registró la comunidad de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Ilysk, y en mayo de 1991 se asignó un terreno de 6100 m². El altar principal de la iglesia fue consagrado en honor del santo y milagroso Nicolás, y el derecho, en honor del ícono de la Madre de Dios de Kazán.