Der Ort Ilsk begann seine Geschichte im Jahr 1863 mit der Gründung der Staniza Ilsk, die zum Abinsk Regiment gehörte. Der erste Vorsteher war Jefim Petrowitsch Timofejewski. Im selben Jahr wurde auf dem Platz der Staniza eine Kapelle erbaut, und ein Jahr später entstand an ihrer Stelle ein Gebetshaus im Namen des Heiligen Nikolaus, das ein Holzgebäude darstellte. Der Kirchengemeinde wurden 150 Desjatinen Land zugewiesen, von denen 50 Desjatinen kirchlich waren.

Zehn Jahre später, im Jahr 1873, wurde die Kirche des Heiligen Nikolaus erbaut. Für ihren Bau stellte das Militär 10.000 Rubel zur Verfügung, während die Gemeindemitglieder 6.000 Rubel sammelten. Die Kirche, obwohl aus Holz, stand auf einem steinernen Fundament, hatte die Form einer Basilika, zwei Kuppeln und einen spitzen Glockenturm. Der Altar wurde von Mönchen aus Palekh und der Dreifaltigkeitskloster bemalt. Im Jahr 1896 wurde die Kirche mit öffentlichen und kirchlichen Mitteln erweitert. Die im Jahr 1893 vergrößerte Gemeinde bestand aus zwei Priestern, einem Diakon und zwei Psalmodisten. Aus erhaltenen Dokumenten sind die Namen der Priester bekannt: Georgij Semenowski (1867), Stefan Kljuchewski (1869), Fedor Karpinski (1887), Lew Dmitrijewitsch Tschalenko (1890), Dmitrij Iwanowitsch Michailow (1910).

Mit dem Kommen der sowjetischen Macht änderte sich das Leben in der Staniza. Im Jahr 1933 begann die Zerstörung der Kirchen im Nordkreis. Zuerst wurde die Kirche der Staniza Grigorjewskaja zerstört, und zuletzt, im Jahr 1939, die Kirchen in Ilsk und Sewersk. Die Nikolauskirche wurde in ein Leseraum umgewandelt und später in ein Kulturhaus. Auch die Priester wurden verfolgt. Laut einem Bericht des regionalen Gerichts vom 25. Mai 2006 wurde Michail Timofejewitsch Jastratow, ein gebürtiger Stanizianer von Nowotroizkaja, der als Priester in der Nikolauskirche arbeitete, am 30. Januar 1938 verhaftet und wegen seiner Teilnahme an einer konterrevolutionären kirchlich-monarchistischen Organisation verurteilt. Er wurde am 8. Februar 1938 erschossen, aber 1956 vollständig rehabilitiert.

Nach dem Krieg wurde das Gebäude der Kirche als Kulturhaus genutzt. Am 12. August 1990 wurde auf einer Versammlung der Einwohner von Ilsk beschlossen, das Gebäude bis zum 1. Oktober 1990 den Gläubigen als Kirche zu übergeben, den Tanzplatz zu verlegen, der Kirche einen Teil des angrenzenden Landes und das Gebäude des Wächters zu übergeben. Dieses Angebot wurde einstimmig unterstützt.

Im August 1990 registrierte der Nordkreis die Gemeinde der Russisch-Orthodoxen Kirche in Ilsk, und im Mai 1991 wurde ein Grundstück von 6100 qm zugewiesen. Der Hauptaltar der Kirche wurde zu Ehren des Heiligen und Wundertäters Nikolaus geweiht, der rechte zu Ehren des Ikone der Gottesmutter von Kasan.