À la fin du XVIIIe siècle, à cet endroit se trouvait le domaine du capitaine de staff P.N. Dmitrov, qui passa plus tard au prince A.N. Viazemski. Dans les années 1840, la propriété fut divisée : une partie fut attribuée à l'usine de sucre de Danilov et au restaurateur I.Ya. Testov, tandis que l'autre fut achetée par le marchand Yakov Yakovlevich Ermakov. Ancien serf des comtes Sheremetyev, il créa une production textile dans son village natal de Meschérino, dans le district de Kolomna, qui devint rapidement la plus grande de la région. En 1838, Ermakov racheta sa liberté avec sa famille, déménagea à Moscou, devint marchand et ouvrit une usine d'impression et de teinture de tissus derrière la barrière de Trehgornaya. Son fils, Frol Yakovlevich, développa l'entreprise de son père, faisant de la société « Yakov Ermakov et fils » l'une des plus prospères de Moscou.

Cependant, au début des années 1880, l'usine derrière la barrière de Trehgornaya fut fermée. Les raisons de cela sont inconnues, mais il est probable que la mort de proches ait influencé Frol Yakovlevich : sa femme Maria, ses fils Andrei et Pavel, son frère et son oncle. Au cours des dix dernières années de sa vie, Ermakov se consacra à la charité. À l'emplacement de l'usine, un hospice de 500 personnes avec une église fut construit, le bâtiment ayant une forme en G avec un clocher et une abside d'autel. L'église de Philaret le Miséricordieux et l'hospice furent consacrés en 1889, et plus tard, une église inférieure en l'honneur de l'Assomption de la Sainte Anne fut ajoutée. L'église fut érigée en mémoire du métropolite de Moscou Philaret (Drozdev). Sur l'ordre de Frol Yakovlevich, un bosquet fut planté à proximité, nommé en son honneur Ermakovskaya, dont la rue Ermakovskaya rappelle aujourd'hui l'existence.

L'hospice avait une seconde section à Sokolniki, pouvant accueillir 500 personnes. Ermakov fit également des dons à d'autres établissements de charité dans la province de Moscou, nourrissant les pauvres avec des repas gratuits, distribuant de l'argent aux nécessiteux et allouant des fonds pour la construction d'églises et de monastères.

Vers 1922, l'église domestique de Philaret le Miséricordieux fut fermée et l'hospice liquidé. Une partie du bâtiment de l'hospice Ermakov fut démolie, mais l'église de Philaret resta intacte. Plus tard, à l'emplacement de la partie démolie et autour de la partie restante, un nouveau bâtiment infectieux de l'hôpital DGBK n° 9 nommé d'après G.N. Speransky fut construit.

Sur proposition du Patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis II, des travaux de restauration commencèrent dans l'église de Philaret. Selon le projet de M.V. Isaïeva (CTRК « Preobrazhenskoe »), le bâtiment retrouva son apparence historique : la salle à deux niveaux de l'église, divisée par des arcs avec l'autel, le clocher avec une entrée au deuxième étage et l'escalier principal reliant les trois étages furent restaurés. Les restaurateurs conservèrent les voûtes Monier, en prêtant une attention particulière à la finition des poutres métalliques.

En 2012, le projet devint lauréat du concours du gouvernement de Moscou pour le meilleur projet dans le domaine de la préservation et de la promotion des objets du patrimoine culturel « Restauration moscovite ».