Am Ende des 18. Jahrhunderts befand sich an dieser Stelle das Anwesen des Stabs-Kapitäns P.N. Dmitrow, das später an den Fürsten A.N. Wjasemskij überging. In den 1840er Jahren wurde das Eigentum aufgeteilt: einen Teil erhielt die Danilowskij Zuckerfabrik und der Restaurantbesitzer I.J. Testow, den anderen kaufte der Kaufmann Jakow Jakowlewitsch Ermakow. Als ehemaliger Leibeigener der Grafen Sheremetew schuf er eine Weberei in seinem Heimatdorf Meschtscherino im Kolomensker Bezirk, die bald die größte in der Umgebung wurde. 1838 erlangte Ermakow zusammen mit seiner Familie die Freiheit, zog nach Moskau, wurde Kaufmann und eröffnete eine Druckerei und Färberei hinter dem Trehgornyj Tor. Sein Sohn, Frol Jakowlewitsch, entwickelte das Geschäft seines Vaters weiter und machte die Firma „Jakow Ermakow mit Söhnen“ zu einer der erfolgreichsten in Moskau.

Doch zu Beginn der 1880er Jahre wurde die Fabrik hinter dem Trehgornyj Tor geschlossen. Die Gründe dafür sind unbekannt, aber wahrscheinlich wurde Frol Jakowlewitsch von dem Tod seiner Angehörigen beeinflusst: seiner Frau Maria, seiner Söhne Andrej und Pawel, seines Bruders und Onkels. In den letzten zehn Jahren seines Lebens widmete sich Ermakow der Wohltätigkeit. An der Stelle der Fabrik entstand eine Wohltätigkeitsanstalt für 500 Personen mit einer Kirche, das Gebäude hatte eine L-Form mit einem Glockenturm und einer Altarapsis. Der Tempel des Heiligen Filaret und die Wohltätigkeitsanstalt wurden 1889 geweiht, später entstand eine untere Kirche im Namen der Entschlafung der gerechten Anna. Die Kirche wurde zum Gedenken an den Metropoliten von Moskau Filaret (Drosdov) errichtet. Auf Anordnung von Frol Jakowlewitsch wurde in der Nähe ein Hain gepflanzt, der zu seinen Ehren Ermakowskaja genannt wurde, heute erinnert die Straße Ermakowskaja Roscha daran.

Die Wohltätigkeitsanstalt hatte eine zweite Abteilung in Sokolniki, die für 500 Personen ausgelegt war. Ermakow spendete auch an andere Wohltätigkeitsinstitutionen der Moskauer Provinz, versorgte die Armen mit kostenlosen Mittagessen, verteilte Geld an Bedürftige und stellte Mittel für den Bau von Kirchen und Klöstern zur Verfügung.

Um 1922 wurde die Hauskirche des Heiligen Filaret geschlossen und die Wohltätigkeitsanstalt aufgelöst. Ein Teil des Gebäudes der Ermakowskaja Wohltätigkeitsanstalt wurde abgerissen, aber die Kirche des Heiligen Filaret blieb erhalten. Später wurde an der Stelle des abgerissenen Teils und um das verbleibende Gebäude herum ein neuer Infektionsbau des DГКБ Nr. 9 benannt nach G.N. Speranskij errichtet.

Auf Vorschlag des Patriarchen von Moskau und ganz Russland Alexius II. begannen in der Kirche des Heiligen Filaret Restaurierungsarbeiten. Nach dem Projekt von M.V. Isajewa (ZTRK „Preobraschenskoje“) erhielt das Gebäude sein historisches Aussehen zurück: der zweigeschossige Saal der Kirche, der durch Bögen mit dem Altar geteilt war, der Glockenturm mit einem Eingang im zweiten Stock und die repräsentative Treppe, die drei Etagen verbindet, wurden wiederhergestellt. Die Restauratoren bewahrten die Gewölbe von Monje und legten besonderen Wert auf die Gestaltung der Metallträger.

Im Jahr 2012 wurde das Objekt Preisträger des Wettbewerbs der Moskauer Regierung für das beste Projekt im Bereich der Erhaltung und Popularisierung von Objekten des kulturellen Erbes „Moskauer Restaurierung“.