Le prêtre de la cathédrale de Tobolsk, Pierre Felitsyn, a informé le clergé de Samarovo le 1er avril 1808 de la collecte de fonds auprès des habitants pour la construction d'une nouvelle église en pierre. La copie jointe de l'ordonnance indiquait que l'église en bois de la Protection à Samarovo avait été construite depuis longtemps et nécessitait des réparations. Étant donné que la construction de nouvelles églises en bois était interdite, il a été décidé de construire à l'avance une église en pierre et de rassembler jusqu'à deux mille roubles pour cela.

À l'époque, Samarovo comptait 242 maisons, 721 hommes et 725 femmes. Le clergé se composait de deux prêtres : Pierre Protopopov et le veuf Fiodor Ilyin, du diacre Oufim Naumov et de deux psalmistes : Andreï Firsov et Egor Loginov. Le chef de la volost, Boris Goubine, a convoqué une réunion le 1er juillet 1808, où 115 paysans et ostyaks ont accepté la construction et ont contribué 1584 roubles 30 kopecks. D'ici novembre, le montant avait augmenté à 1955 roubles 25 kopecks, qui ont été envoyés à Tobolsk par le cocher de Samarovo, Gherasim Korepanov.

L'architecte Shanguin de Tobolsk a proposé de construire le temple à côté de l'église en bois, plus près de la colline de Komissarskaya, et a ordonné de creuser des tranchées pour les fondations. Les paysans les ont creusées, mais Shanguin a exigé qu'elles soient approfondies, expliquant qu'une fondation solide était nécessaire pour l'église en pierre. On considère que l'église a été construite en 1815, mais ce n'est pas tout à fait exact.

En 1843, le prêtre Ioann Zaborovski, en inspectant l'église de Samarovo, a découvert que l'iconostase n'était pas peint et qu'il n'y avait pas d'icônes, et que les services religieux n'étaient pas célébrés. En 1860, un des commerçants écrivait que Samarovo était devenu un important port de l'Ouest de la Sibérie, avec une riche église en pierre.

Depuis le début des années 1920, l'église de la Protection a commencé à se détériorer en raison de la politique antireligieuse des autorités. Les croyants ont été persécutés, et le cimetière de l'église et les tombes des prêtres ont été profanés. En 1929-30, les briques de l'église ont été utilisées pour construire une conserverie. À l'emplacement de l'église, un « Club des pêcheurs » a été construit, qui a existé jusqu'en 1970, après quoi le bâtiment est devenu une salle de sport de l'école n°2. Dans les années 1980, le bâtiment a été démoli, et à sa place est apparue une aire de jeux.

En 1994, à l'initiative de l'architecte Nikolaï Gordeev, des fouilles ont été menées, et les fondations de l'église ont été découvertes. Cela a été possible grâce au travail minutieux de l'architecte Shanguin en 1808.

L'idée de restaurer le temple a reçu le soutien du chef de l'administration du district, Alexandre Filipenko, et de l'administration municipale. Les travaux ont été dirigés par le vice-chef de l'administration, V. S. Semenov. Le projet de restauration a été réalisé par l'architecte Kazakov de Novossibirsk.

Le 21 septembre 1996, lors de la fête de la Nativité de la Vierge, le prêtre Sergueï Kravtsov, arrivé en ville, a célébré un service et les paroissiens ont dégagé les anciennes fondations, les remettant aux ouvriers pour commencer la restauration de l'église, détruite à l'époque soviétique.