El sacerdote Peter Felitsin, del obispado de Tobolsk, notificó el 1 de abril de 1808 al clero de Samárovo sobre la recolección de firmas de los habitantes para la construcción de una nueva iglesia de piedra. En la copia adjunta del decreto se mencionaba que la iglesia de madera de la Protección en el foso de Samárovo había sido construida hace tiempo y necesitaba reparaciones. Dado que la construcción de nuevas iglesias de madera estaba prohibida, se decidió construir una iglesia de piedra de antemano y recaudar hasta dos mil rublos para ello.

En ese momento, en Samárovo había 242 casas, 721 hombres y 725 mujeres. El clero estaba compuesto por dos sacerdotes: Peter Protopopov y el viudo Fyodor Ilyin, el diácono Ufim Naumov y dos sacristanes: Andrei Firsov y Yegor Loginov. El jefe de la volost, Boris Gubin, convocó una reunión el 1 de julio de 1808, en la que 115 campesinos y ostiaks de yasak acordaron la construcción y aportaron 1584 rublos con 30 kopeks. Hasta noviembre, la suma aumentó a 1955 rublos con 25 kopeks, que fueron enviados a Tobolsk a través del arriero samárovo Gerasim Korepanov.

El arquitecto Shanygin de Tobolsk propuso construir el templo junto a la iglesia de madera, más cerca de la montaña de Komissarskaya, y ordenó cavar zanjas para los cimientos. Los campesinos las cavaron, pero Shanygin exigió que las profundizaran, explicando que se necesitaba una base sólida para la iglesia de piedra. Se considera que la iglesia fue construida en 1815, pero esto no es del todo cierto.

En 1843, el protoiereo Ioann Zaborovski, al inspeccionar la iglesia de Samárovo, descubrió que el iconostasio no estaba pintado y no había íconos, y que no se celebraban servicios. En 1860, uno de los comerciantes escribió que Samárovo se había convertido en un importante puerto de Siberia Occidental, con una rica iglesia de piedra.

Desde principios de la década de 1920, la iglesia de la Protección comenzó a deteriorarse debido a la política antirreligiosa de las autoridades. Los creyentes fueron perseguidos, y el cementerio de la iglesia y las tumbas de los sacerdotes fueron profanados. En 1929-30, los ladrillos de la iglesia se utilizaron para construir una fábrica de conservas. En el lugar de la iglesia se construyó el "Club de pescadores", que existió hasta 1970, después de lo cual el edificio se convirtió en el gimnasio de la escuela n.º 2. En la década de 1980, el edificio fue demolido y en su lugar se construyó una cancha deportiva.

En 1994, por iniciativa del arquitecto Nikolai Gordeev, se realizaron excavaciones y se descubrieron los cimientos de la iglesia. Esto fue posible gracias al meticuloso trabajo del arquitecto Shanygin en 1808.

La idea de restaurar el templo recibió el apoyo del jefe de la administración del distrito, Alexander Filipenko, y de la administración de la ciudad. Los trabajos fueron dirigidos por el vicejefe de la administración, V. S. Semenov. El proyecto de restauración fue realizado por el arquitecto Kazakov de Novosibirsk.

El 21 de septiembre de 1996, en la festividad del Nacimiento de la Virgen María, el sacerdote Sergey Kravtsov, que llegó a la ciudad, celebró un moleben, y los feligreses despejaron los antiguos cimientos, entregándolos a los constructores para comenzar la restauración de la iglesia, destruida en la época soviética.