Der Tobołskij Dekan und Priester Pjotr Felicin informierte am 1. April 1808 die Geistlichkeit von Samarowo über die Sammlung von Unterschriften der Einwohner zum Bau einer neuen Steinkirche. In der beigefügten Kopie des Erlasses wurde erwähnt, dass die hölzerne Schutzkirche im Samarowski-Graben schon lange gebaut wurde und reparaturbedürftig ist. Da der Bau neuer hölzerner Kirchen verboten war, wurde beschlossen, im Voraus eine Steinkirche zu errichten und dafür bis zu zweitausend Rubel zu sammeln.

Zu dieser Zeit gab es in Samarowo 242 Häuser, 721 Männer und 725 Frauen. Die Geistlichkeit bestand aus zwei Priestern: Pjotr Protopopov und dem verwitweten Fedor Iljinych, dem Diakon Ufim Naumov und zwei Ponomaren: Andrej Firsov und Jegor Loginov. Der Gemeindevorsteher Boris Gubin versammelte am 1. Juli 1808 ein Treffen, bei dem 115 Bauern und yasashnyje Ostjaken dem Bau zustimmten und 1584 Rubel 30 Kopeken beitrugen. Bis November erhöhte sich der Betrag auf 1955 Rubel 25 Kopeken, die über den Samarowo-Fahrer Gerasim Korepanov nach Tobołsk geschickt wurden.

Der Architekt Schanjgin aus Tobołsk schlug vor, den Tempel neben der hölzernen Kirche, näher am Kommissarsberg, zu bauen, und befahl, Gräben für das Fundament zu graben. Die Bauern gruben sie, aber Schanjgin verlangte, sie zu vertiefen, und erklärte, dass für die Steinkirche ein stabiles Fundament benötigt wird. Es wird angenommen, dass die Kirche 1815 erbaut wurde, aber das ist nicht ganz richtig.

Im Jahr 1843 stellte der Protopriester Ioann Zaborowski bei der Inspektion der Samarowo-Kirche fest, dass der Ikonostase nicht bemalt war und keine Ikonen vorhanden waren, und dass keine Gottesdienste stattfanden. Im Jahr 1860 schrieb einer der Händler, dass Samarowo ein wichtiger Hafen in Westsibirien geworden sei, mit einer reichen Steinkirche.

Seit Anfang der 1920er Jahre begann die Schutzkirche aufgrund der antireligiösen Politik der Behörden zu verfallen. Gläubige wurden verfolgt, und der Kirchhof sowie die Gräber der Priester wurden geschändet. In den Jahren 1929-30 wurden Ziegel aus der Kirche zum Bau einer Konservenfabrik verwendet. An der Stelle der Kirche wurde ein „Fischerclub“ errichtet, der bis 1970 existierte, danach wurde das Gebäude zur Sporthalle der Schule Nr. 2. In den 1980er Jahren wurde das Gebäude abgerissen, und an seiner Stelle entstand ein Sportplatz.

Im Jahr 1994 wurden auf Initiative des Architekten Nikolai Gordeev Ausgrabungen durchgeführt, und die Fundamente der Kirche wurden entdeckt. Dies wurde dank der sorgfältigen Arbeit des Architekten Schanjgin im Jahr 1808 möglich.

Die Idee der Wiederherstellung des Tempels erhielt Unterstützung vom Leiter der Verwaltung des Kreises Alexander Filipenko und der Stadtverwaltung. Die Arbeiten wurden von dem stellvertretenden Leiter der Verwaltung Semenov V. S. geleitet. Das Wiederherstellungsprojekt wurde vom Architekten Kazakov aus Nowosibirsk ausgeführt.

Am 21. September 1996, am Fest der Geburt der Heiligen Gottesmutter, hielt der Priester Sergej Krawzow, der in die Stadt gekommen war, einen Gottesdienst ab, und die Gemeindemitglieder räumten die alten Fundamente frei und übergaben sie den Bauarbeitern, um mit der Wiederherstellung der in sowjetischen Zeiten zerstörten Kirche zu beginnen.