La première mention du village de Prokhodnoye remonte au XVIIe siècle. En 1879, une église en pierre y a été construite. En 1886, une école a ouvert dans la maison du prêtre. En 1900, une école paroissiale a été érigée grâce aux fonds du zemstvo et des paroissiens. En 1909, l'église était régulièrement fréquentée par 836 paroissiens.

Avec l'arrivée du pouvoir soviétique, l'église a été saccagée et fermée à la fin des années 1950 et au début des années 1960. Actuellement, une plaque est installée sur l'église en ruine, attestant de son statut de monument architectural protégé par l'État.

En été 2007, une pierre angulaire pour une nouvelle église a été bénie dans le village. L'église en bois a été construite selon le projet de l'architecte de Belgorod L. Kolesnikova. Six cloches pour le clocher ont été fabriquées dans l'atelier de Balyasnikov. L'église de la Protection de la Sainte Vierge a été bénie le 14 octobre 2008 par l'archevêque de Belgorod et de Starooskol Ioann.