La primera mención del pueblo de Prokhodnoye data del siglo XVII. En 1879 se construyó aquí una iglesia de piedra. En 1886 se abrió una escuela en la casa del sacerdote. En 1900, con fondos del zemstvo y de los feligreses, se erigió una escuela parroquial. En 1909, la iglesia era visitada regularmente por 836 feligreses.

Con la llegada del poder soviético, la iglesia fue saqueada y cerrada a finales de los años 50 y principios de los 60. Actualmente, en la iglesia medio en ruinas se ha instalado una placa que atestigua su estatus como monumento arquitectónico, protegido por el estado.

En el verano de 2007 se bendijo la piedra fundamental de una nueva iglesia en el pueblo. La iglesia de madera fue construida según el proyecto de la arquitecta de Belgorod L. Kolesnikova. Seis campanas para el campanario fueron fabricadas en el taller de Balyasnikov. La Iglesia de la Intercesión de la Santísima Virgen fue consagrada el 14 de octubre de 2008 por el arzobispo de Belgorod y Starooskolsky, Ioann.