Le monastère de Kazan à Omsk a commencé son histoire au début du XXe siècle, lorsque trois religieuses du monastère théologique de Surk se sont installées à Omsk en provenance d'Arkhangelsk. Avec la bénédiction de Jean de Kronstadt, elles ont fondé une communauté religieuse et éducative à Omsk. Le 10 décembre 1903, des cosaques locaux ont alloué 4 dessiatines de terre à la périphérie sud de la ville pour la construction d'une église.

Le premier bâtiment sur ce site était un corps de deux étages avec une église domestique, où vivaient les sœurs et les membres de la communauté. La construction a été achevée en 1905. En février 1911, les fondations du futur temple en pierre de Kazan, pouvant accueillir 500 fidèles, ont été posées, financées par des dons de résidents locaux et de la veuve du général Lyudmila Golovessova.

Le projet de l'église était basé sur le modèle d'église n°15 d'un recueil de 1899, mais l'architecte local a apporté des modifications, augmentant la taille de la salle à manger. L'abside et les chapelles avaient une forme pentagonale. L'église était ornée d'un haut tambour avec des fenêtres et d'un dôme en forme de casque, tandis qu'une cloche en forme de tente s'élevait au-dessus de l'entrée.

La décoration de l'église était réalisée dans le style néo-russe : au-dessus des ouvertures en arc se trouvaient des kokoshniks, soutenus par des demi-colonnes, et les façades étaient ornées d'éléments décoratifs en brique rouge.

En mars 1912, la communauté est devenue un monastère féminin en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, où vivaient 3 religieuses et 115 postulantes. Le monastère s'occupait d'activités éducatives et éclairantes, une école paroissiale fonctionnait, et les religieuses fournissaient des soins médicaux et réalisaient des commandes de broderie.

En 1915, le monastère a reçu environ 300 dessiatines de terre supplémentaires, et la construction de l'église a été achevée. Le 1er juillet 1916, l'évêque Sylvestre d'Omsk l'a consacrée.

Après la révolution, le sort de l'église est devenu incertain. Selon certaines sources, en 1918, une prison a été établie sur le territoire du monastère, tandis que d'autres affirment que le monastère a continué à fonctionner. En décembre 1919, le monastère a été fermé et les bâtiments ont été transférés à une commune de travail pour enfants. La plupart des religieuses ont été expulsées, ne laissant que les malades et les personnes âgées.

À l'été 1921, un incendie a détruit le bâtiment principal, et l'église survivante a été restituée aux fidèles. La paroisse de l'église de Kazan était l'une des plus importantes de la ville, comptant 788 personnes, dont la plupart appartenaient à l'orientation tikhonienne des chrétiens orthodoxes.

Malgré sa popularité, l'église a été fermée le 8 mars 1930. Une partie des objets liturgiques a été transférée au musée local, et la plupart des articles, y compris cinq cloches en bronze, ont été envoyés au GosTorg de Leningrad. Le bâtiment a été réaménagé en club de sovkhoze, la cloche et la partie supérieure de l'église ont été démolies.

Les religieuses Evdokiya, Irina et Serafima ont déménagé à Ignatovka, où elles ont fondé une église souterraine. Pendant la guerre, le bâtiment a servi de point de rassemblement, puis il est resté inoccupé jusqu'en 1979, lorsqu'il a été utilisé comme base de légumes.

En 1989, le bâtiment a été reconnu monument d'architecture et d'histoire. En juillet 1990, il a été restitué aux croyants, et des travaux de réparation et de restauration ont commencé. Aujourd'hui, le clocher et les dômes ont été entièrement restaurés, et la finition intérieure est achevée. Des services religieux ont lieu à l'église de Kazan, et à proximité, un monument a été érigé en mémoire des religieuses persécutées pendant les années soviétiques.