El monasterio de Kazán en Omsk comenzó su historia a principios del siglo XX, cuando tres monjas del monasterio teológico de Sur se mudaron desde Arkhangelsk. Con la bendición de Juan de Kronstadt, fundaron en Omsk una comunidad religiosa y educativa. El 10 de diciembre de 1903, los cosacos locales asignaron 4 desiatinas de tierra en el sur de la ciudad para la construcción de la iglesia.

El primer edificio en este terreno fue un cuerpo de dos pisos con una iglesia doméstica, donde vivían las hermanas y los miembros de la comunidad. La construcción se completó en 1905. En febrero de 1911 se colocó la piedra fundamental del futuro templo de piedra de Kazán para 500 feligreses, cuya construcción fue financiada por donaciones de los habitantes locales y de la viuda del general Liudmila Golovésova.

El proyecto del templo se basó en el templo tipo n.º 15 del compendio de 1899, pero el arquitecto local hizo modificaciones, aumentando el tamaño del refectorio. La ábside y los altares tenían forma pentagonal. El templo estaba adornado con un alto tambor con ventanas y una cúpula en forma de casco, y sobre la entrada se alzaba un campanario en forma de tienda.

La decoración del templo se realizó en estilo neorruso: sobre los arcos se disponían kokoshniks, sostenidos por semicolumnas, y las fachadas estaban decoradas con elementos decorativos de ladrillo rojo.

En marzo de 1912, la comunidad se convirtió en un monasterio femenino en honor a la Icono de Kazán de la Madre de Dios, donde residían 3 monjas y 115 novicias. El monasterio se dedicaba a actividades educativas y de divulgación, funcionaba una escuela parroquial, y las monjas brindaban asistencia médica y realizaban pedidos de bordado.

En 1915, se asignaron al monasterio alrededor de 300 desiatinas más de tierra, y se completó la construcción del templo. El 1 de julio de 1916, el obispo Silvestre de Omsk lo consagró.

Después de la revolución, el destino del templo se volvió incierto. Según algunos informes, en 1918 se estableció una prisión en el territorio del monasterio, según otros, el monasterio continuó funcionando. En diciembre de 1919, el monasterio fue cerrado y los edificios fueron entregados a una comuna de trabajo infantil. La mayoría de las monjas fueron desalojadas, dejando solo a las enfermas y ancianas.

En el verano de 1921, un incendio destruyó el edificio principal, y el templo sobreviviente fue devuelto a los feligreses. La parroquia de la iglesia de Kazán era una de las más grandes de la ciudad, con 788 personas, la mayoría de las cuales pertenecían a la orientación tikhoniana de los cristianos ortodoxos.

A pesar de su popularidad, el 8 de marzo de 1930, la iglesia fue cerrada. Parte de los utensilios fueron entregados al museo local, y la mayoría de los objetos, incluidos cinco campanas de bronce, fueron enviados al GOSTORG de Leningrado. El edificio fue remodelado para un club de sovjós, se demolió el campanario y la parte superior del templo.

Las monjas Evdokiya, Irina y Serafima se mudaron a Ignatovka, donde fundaron una iglesia catacumbal. Durante la guerra, el edificio sirvió como punto de recolección, y luego permaneció vacío hasta 1979, cuando se utilizó como base de verduras.

En 1989, el edificio fue reconocido como monumento de arquitectura e historia. En julio de 1990, fue devuelto a los creyentes, comenzando las reparaciones y la restauración. Ahora se han restaurado completamente el campanario y las cúpulas, y se ha completado el acabado interior. En la iglesia de Kazán se celebran servicios religiosos, y cerca se ha erigido un monumento a las monjas que sufrieron en los años soviéticos.