La première chapelle sur le territoire de l'hôpital militaire a été construite en 1825, peu après le transfert de l'hôpital en dehors de la forteresse d'Omsk vers le faubourg de Boutyrski sur la rive droite de l'Om. C'était un bâtiment en bois avec une base octogonale et un petit dôme, rattaché à la cathédrale de la Résurrection aujourd'hui détruite. En 1854, la chapelle a été transformée en église autonome.

Cependant, dès 1857, le bâtiment en bois a été démonté en raison de sa vétusté. Cette chapelle est entrée dans l'histoire d'Omsk car F.M. Dostoïevski y a prié.

Depuis 1899, divers architectes ont proposé des projets pour une nouvelle église, mais aucun ne convenait ni à l'administration locale, ni aux membres du clergé. L'architecte A.I. von Hohen a initialement proposé un projet d'église en bois, mais le prêtre père Alexeï Serebrennikov insistait pour un bâtiment en pierre. Le projet final a été accepté en janvier 1903. A.I. von Hohen, inspiré par les traditions architecturales russes du 17ème siècle, a créé un projet dans ce style. L'église avait une forme allongée avec deux chapelles et une abside dans la partie du chœur. Les chapelles étaient décorées de frises multicouches, de ceintures et d'arcades, de fenêtres avec un décor en forme de kil et de frontons brisés. Les façades étaient ornées dans les traditions de l'architecture russe : coins rustiques, balustres et pilastres, demi-colonnes, « biscuits » et niches dans le socle. Le clocher avait une forme octogonale avec des arcs sculptés et un toit en forme de tente. À l'intérieur, l'espace était divisé par des tambours, et les murs étaient peints à l'huile. Le coût estimé de l'église était de 33 000 roubles, et la construction était financée par des dons des citoyens. Les entrepreneurs ont changé plusieurs fois, mais en décembre 1906, le bâtiment a été consacré. Un an plus tard, une chapelle de Séraphim de Sarov et de Saint Alexis a été construite près du pont sur l'Om, rattachée à l'église.

En 1921, l'église a été fermée et utilisée comme entrepôt de l'hôpital militaire. Les dômes et le clocher ont été démontés. La restauration a commencé en mai 1989, lorsque le bâtiment a été reconnu comme monument architectural et inscrit au registre des objets protégés. Peu après, l'église a été restituée à l'Église orthodoxe russe. Aujourd'hui, le bâtiment est entièrement restauré et des services y sont régulièrement célébrés. Cependant, l'accès à l'église se fait uniquement par un poste de contrôle, car l'hôpital est militaire. Les gardes permettent l'entrée sur présentation d'une pièce d'identité et accompagnent les visiteurs sur le territoire de l'hôpital.