Die erste Kapelle auf dem Gelände des Militärkrankenhauses wurde 1825 erbaut, kurz nach der Verlegung des Krankenhauses außerhalb der Omsker Festung in den Butyrsky Vorort am rechten Ufer der Omi. Es war ein Holzgebäude mit einem achteckigen Grundriss und einer kleinen Kuppel, das dem heute zerstörten Auferstehungskathedrale zugeordnet wurde. 1854 wurde die Kapelle in eine eigenständige Kirche umgewandelt.

Bereits 1857 wurde das Holzgebäude aufgrund seines maroden Zustands abgerissen. Diese Kapelle ging in die Geschichte Omsks ein, da F.M. Dostojewski dort betete.

Seit 1899 schlugen verschiedene Architekten Entwürfe für eine neue Kirche vor, aber sie fanden weder beim lokalen Management noch bei den Kirchenvertretern Zustimmung. Der Architekt A.I. von Hohen schlug ursprünglich einen Entwurf für eine Holzkirche vor, aber der Priester Vater Alexej Serebrjannikow bestand auf einem Steingebäude. Der endgültige Entwurf wurde im Januar 1903 angenommen. A.I. von Hohen, inspiriert von den russischen Architekturstilen des 17. Jahrhunderts, entwarf das Gebäude in diesem Stil. Die Kirche hatte eine langgestreckte Form mit zwei Kapellen und einer Apsis im Altarbereich. Die Kapellen waren mit mehrschichtigen Friesen, Bändern und Bögen, Fenstern mit kielbogenförmiger Dekoration und zerrissenen Giebeln geschmückt. Die Fassaden waren im Stil der russischen Baukunst gestaltet: rustizierte Ecken, Baluster und Lisenen, Halbsäulen, „Kekse“ und Nischen im Sockel. Der Glockenturm hatte eine achteckige Form mit geschnitzten Bögen und einem Zeltdach. Im Inneren war der Raum durch Vorhallen unterteilt, und die Wände waren mit Ölfarben gestrichen. Die Kostenschätzung für die Kirche betrug 33.000 Rubel, und der Bau wurde durch Spenden der Bürger finanziert. Die Auftragnehmer wechselten mehrmals, aber im Dezember 1906 wurde das Gebäude geweiht. Ein Jahr später wurde in der Nähe der Brücke über die Omi eine Kapelle des Seraphim von Sarow und des Heiligen Alexius errichtet, die der Kirche zugeordnet wurde.

1921 wurde die Kirche geschlossen und als Lager des Militärkrankenhauses genutzt. Die Kuppeln und der Glockenturm wurden abgerissen. Die Wiederherstellung begann im Mai 1989, als das Gebäude als architektonisches Denkmal anerkannt und in das Register der geschützten Objekte aufgenommen wurde. Bald wurde die Kirche an die RPT zurückgegeben. Heute ist das Gebäude vollständig restauriert und es finden regelmäßig Gottesdienste statt. Der Zugang zur Kirche ist jedoch nur über einen Wachposten möglich, da es sich um ein Militärkrankenhaus handelt. Die Wachen erlauben den Eintritt bei Vorlage eines Ausweises und begleiten die Besucher auf dem Gelände des Krankenhauses.