La primera capilla en el territorio del hospital militar fue construida en 1825, poco después de que el hospital se trasladara fuera de la fortaleza de Omsk a la fortaleza de Butyrsky en la orilla derecha del río Omi. Era un edificio de madera con una base octogonal y una pequeña cúpula, adscrita a la actualmente destruida catedral de la Resurrección. En 1854, la capilla fue transformada en una iglesia independiente.

Sin embargo, ya en 1857, la estructura de madera fue desmantelada debido a su deterioro. Esta capilla entró en la historia de Omsk porque en ella oró F.M. Dostoyevsky.

Desde 1899, varios arquitectos propusieron proyectos para una nueva iglesia, pero ninguno satisfizo ni a la administración local ni a los clérigos. El arquitecto A.I. von Hohen inicialmente propuso un proyecto de iglesia de madera, pero el sacerdote padre Alexey Serebrennikov insistió en un edificio de piedra. El proyecto final fue aceptado en enero de 1903. A.I. von Hohen, inspirado en las tradiciones arquitectónicas rusas del siglo XVII, creó un proyecto en este estilo. La iglesia tenía una forma alargada con dos capillas y una ábside en la parte del altar. Las capillas estaban decoradas con frisos multicapa, cintas y arcos, ventanas con decoración en forma de quilla y frontones rotos. Las fachadas estaban diseñadas en las tradiciones de la arquitectura rusa: esquinas rustificadas, balaustradas y pilastras, semicolumnas, "secadores" y nichos en el sótano. El campanario tenía forma octogonal con arcos tallados y un chapitel. En el interior, el espacio estaba dividido por vestíbulos, y las paredes estaban pintadas con pinturas al óleo. El costo estimado del templo era de 33 mil rublos, y la construcción se llevó a cabo con donaciones de los ciudadanos. Los contratistas cambiaron varias veces, pero en diciembre de 1906 el edificio fue consagrado. Un año después, cerca del puente sobre el Omi, se construyó una capilla de San Serafín de Sarov y del Santo Alejo, adscrita a la iglesia.

En 1921, la iglesia fue cerrada y utilizada como almacén del hospital militar. Las cúpulas y el campanario fueron desmantelados. La restauración comenzó en mayo de 1989, cuando el edificio fue reconocido como monumento arquitectónico y se incluyó en el registro de objetos protegidos. Pronto, la iglesia fue devuelta a la Iglesia Ortodoxa Rusa. Hoy, el edificio está completamente restaurado y se celebran servicios regularmente en él. Sin embargo, solo se puede acceder a la iglesia a través de un puesto de control, ya que es un hospital militar. Los guardias permiten la entrada con la presentación de una identificación y acompañan a los visitantes en el territorio del hospital.