L'église a été construite entre 1842 et 1845 sur la colline de Galkina, à l'emplacement de l'ancienne église en bois de Saint-Michel-Archange, érigée en 1783. Les marchands locaux Nikita Serafimov et Daniil Balaev ont participé à sa construction. La consécration de l'église a eu lieu les 7 et 9 novembre 1847. Il était initialement prévu qu'elle devienne une cathédrale, mais ce rôle a été pris par l'église de la Trinité, construite un peu plus tôt, et l'église archangéliste est devenue paroissiale.

Dans la partie nord du Bachkortostan, cette église est restée la seule en activité, à l'exception de la période de 1937 à 1945. En 1937, le bâtiment a été utilisé comme silo à grains, et le clocher a été démoli. En 1945, l'église a été rouverte par le prêtre Gavriil Zhelvitsky. Des religieuses, restées dans la ville après la fermeture du monastère de la Trinité de Birsk en 1924, ont participé à sa restauration. Au début des années 1950, le grand-père du patriarche Kirill, le prêtre Vassili Stepanovich Gundyaev, y a officié.

Selon la décision n° 390 du Conseil des ministres de la République socialiste soviétique autonome du Bachkortostan du 19 juillet 1976, l'église a été reconnue monument architectural d'importance locale.

En 2002, des travaux de rénovation majeurs ont commencé : un nouveau clocher a été construit et le terrain environnant a été aménagé. Cependant, il a été signalé que des fresques et des éléments de décoration avaient été perdus au cours des travaux. En juin 2016, lors de sa visite au Bachkortostan, le patriarche Kirill a visité l'église et y a célébré un office.

Sur le terrain de l'église se trouvent l'atelier de couture diocésain « Tavifa », le département de l'éducation religieuse et de la catéchèse, ainsi qu'un département missionnaire.