Die Kirche wurde in den Jahren 1842-1845 auf dem Galkina-Berg an der Stelle der alten hölzernen Michael-Archangel-Kirche erbaut, die 1783 errichtet wurde. An dem Bau waren die lokalen Kaufleute Nikita Serafimov und Daniil Balaev beteiligt. Die Weihe der Kirche fand am 7. und 9. November 1847 statt. Ursprünglich war geplant, dass sie zur Kathedrale wird, aber diese Rolle übernahm die etwas früher errichtete Dreifaltigkeitskirche, und die Erzengelkirche wurde zur Pfarrkirche.

Im nördlichen Teil von Baschkortostan blieb diese Kirche die einzige aktive, mit Ausnahme des Zeitraums von 1937 bis 1945. Im Jahr 1937 wurde das Gebäude als Getreidespeicher genutzt, und der Glockenturm wurde abgerissen. 1945 wurde die Kirche wieder von dem Priester Gabriel Zhelvitsky eröffnet. An ihrer Wiederherstellung waren Nonnen beteiligt, die nach der Schließung des Birsker Dreifaltigkeitsklosters im Jahr 1924 in der Stadt geblieben waren. In den frühen 1950er Jahren diente hier der Großvater des Patriarchen Kirill, Priester Wassili Stepanovich Gundyaev.

Laut dem Beschluss Nr. 390 des Ministerrats der Baschkirischen ASSR vom 19. Juli 1976 wurde die Kirche als Denkmal der Architektur von lokaler Bedeutung anerkannt.

Im Jahr 2002 begann eine umfassende Renovierung der Kirche: Ein neuer Glockenturm wurde errichtet und das Gelände rundherum gestaltet. Es wurde jedoch berichtet, dass während der Renovierung Wandmalereien und Dekorelemente verloren gingen. Im Juni 2016 besuchte Patriarch Kirill während seines Besuchs in Baschkortostan die Kirche und hielt dort einen Gottesdienst ab.

Auf dem Gelände der Kirche befinden sich die diözesane Schneiderei „Tavifa“, die Abteilung für religiöse Bildung und Katechese sowie die Missionsabteilung.