Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, la propriété appartenait au neveu du compagnon de Pierre Ier, Savva Ragouzinsky-Vladislavich, comte Efim Ivanovich Vladislavich. Selon la légende, il y avait auparavant un couvent métropolitain, bien que des preuves documentaires n'aient pas encore été trouvées. Déjà au XVIIe siècle, des chambres en pierre avaient été construites à cet endroit, partiellement conservées dans les fondations du bâtiment moderne, où l'on peut voir d'anciennes voûtes dans la cave. La maison principale, dont la façade donnait sur l'église de Peterverig, aujourd'hui disparue, a été érigée à la charnière des XVIIe et XVIIIe siècles.

En 1803, la propriété a été acquise par le directeur de l'Université de Moscou, Ivan Petrovich Tourgueniev, qui y a vécu jusqu'à sa mort en 1807. Pendant cette période, le domaine est devenu l'un des salons littéraires de Moscou, où se retrouvaient souvent N.M. Karamzin, M.M. Kheraskov et V.A. Joukovski, avec qui le fils de Tourgueniev, Andreï, était ami.

Lors de l'incendie de 1812, le domaine a été endommagé par le feu. Ce n'est que deux décennies plus tard que le marchand Piotr Kononovich Botkin l'a acheté, qui a reconstruit la maison principale, lui donnant aux façades le style de l'Empire tardif avec des chapiteaux ioniques, des couronnes avec des rubans et une riche ornementation sur le thème antique entre les pilastres du portique. À cette époque, deux pavillons de cour jumelés ont également été construits.

Comme sous Tourgueniev, la maison des Botkine est devenue le centre de la vie culturelle et sociale. Y ont été vus A.I. Herzen, N.P. Ogarev, V.G. Belinski, I.I. Panayev, N.V. Gogol, L.N. Tolstoï, ainsi que les acteurs M.S. Shchepkin et P.S. Mochalov. Pendant un certain temps, V.G. Belinski, ami de Vassili Botkin, le fils du propriétaire, y a vécu. Le poète A.A. Fet, marié à Maria Petrovna Botkina, venait souvent ici en tant que parent. Dans l'annexe droite de la maison principale, en 1866, est né le célèbre physicien russe Piotr Nikolaïevitch Lébedev, dont le père travaillait pour la société Botkin et louait un appartement ici.

La petite-fille de Piotr Kononovich, Vera Petrovna, épousa le chef de Moscou, Nikolaï Ivanovich Goutchkov, frère du célèbre homme politique Alexandre Ivanovich Goutchkov. En 1907, Goutchkov est devenu propriétaire de l'hôtel particulier Botkin, étant directeur de la Société de commerce de thé "Petra Botkina fils".

En 1918, le domaine a été nationalisé, et deux ans plus tard, Goutchkov a émigré en France. Vera Petrovna était déjà décédée en 1916 à ce moment-là.

Dans les premières années du pouvoir soviétique, des appartements communaux ont été aménagés dans la maison, et en 1935, une partie de la propriété a été construite. Après la guerre, il y avait une crèche, une garderie, un entrepôt de l'édition "Médecine" et d'autres institutions gouvernementales. Dans les années 1970, le Conseil municipal de Moscou pour le tourisme et les excursions (MGTES) s'est installé dans le domaine. Actuellement, le bâtiment abrite la Société historique militaire russe (RVIO).

Des travaux de restauration ont été réalisés dans le domaine en 2015-2016. En 2017, le domaine des Botkine a reçu un prix du concours du gouvernement de Moscou "Restauration de Moscou" dans les catégories "Meilleur projet de restauration/adaptation" et "Meilleure organisation de travaux de réparation et de restauration".