En 1635-1636, l'archevêque Sérapion de Souzdal, sur ordre du tsar Michel Fiodorovitch, a restauré la cathédrale de la Nativité de la Sainte Vierge, qui avait été détruite et pillée par les Polonais. De plus, il a construit à côté de la cathédrale un clocher en pierre avec deux autels au niveau inférieur : l'autel de l'Annonciation et en l'honneur du saint martyr Théodose.

Le métropolite Hilarion de Souzdal, avec la permission du tsar Fiodor Alexeïevitch, a effectué la restauration de la cathédrale. Il a reconstruit l'église, créée par l'archevêque Sérapion à l'intérieur du clocher, a supprimé l'autel du saint martyr Théodose et a rendu l'église chaude avec un seul autel de l'Annonciation. En hiver, le métropolite Hilarion y célébrait des offices, et les dimanches et jours de fête, il célébrait la liturgie.

Le 17 juillet 1719, un grand incendie a ravagé Souzdal, détruisant presque toutes les églises et maisons. Dans les flammes, la cathédrale, la clôture, le clocher avec l'église de l'Annonciation et la maison épiscopale ont été endommagés. La restauration complète de la cathédrale a été achevée par l'ordinaire Porphyre, qui a remplacé les toits en bois par des toits en fer, a recouvert la grande coupole de la cathédrale de feuilles d'or rouge, a rénové la peinture murale et a décoré les chapelles de saint Théodore et saint Jean avec des iconostases dorées. Il a également construit une église chaude en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge et a restauré la clôture en pierre.

Parmi les évêques suivants de Souzdal, l'évêque Victor, qui a pris le siège en 1788, a porté une attention particulière à l'embellissement de la cathédrale. Grâce à ses efforts, les icônes des niveaux supérieurs de l'iconostase et autour des piliers ont été renouvelées, et les images locales au niveau inférieur ont été ornées de chasubles en argent doré avec des pierres précieuses. Dans l'église chaude de l'Annonciation, il a installé un iconostase en plâtre. En 1791, une grande cloche pesant 755 pouds a été fondue et accrochée le 20 octobre au clocher de la cathédrale.

Après l'abolition du siège épiscopal à Souzdal en 1798, les habitants locaux ont pris soin de la cathédrale. En 1815, grâce aux efforts du doyen de la cathédrale et des citoyens, une chapelle a été aménagée dans l'église chaude de l'Annonciation en l'honneur de la Nativité du Christ, en mémoire de la libération de la Russie des Français en 1812. Dans la cathédrale chaude se trouvent l'autel en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge et une chapelle en l'honneur de la Nativité du Christ.