À la fin du XVIIIe et au début du XIXe siècle, sur les rives de la rivière Tom, près de l'église de l'Épiphanie, se tenait un temple des vieux-croyants de Tomsk, qui fut détruit sous l'empereur Nicolas Ier.

La communauté a été légalisée en 1907, et Tomsk est devenu le centre de l'Éparchie de Sibérie, incluant les gouvernements de Tomsk, d'Eniseysk, d'Irkoutsk et la région de Semipalatinsk. La Douma municipale a attribué un terrain pour la construction d'un temple vieux-croyant dans la rue aujourd'hui connue sous le nom de Yakovleva.

La pose de la première pierre a eu lieu en août 1910, et le temple en bois de l'Assomption de la Sainte Vierge a été achevé et consacré le 22 septembre 1913.

La cérémonie de consécration a été dirigée par le premier évêque de Tomsk-Altaï, Joasaph (I.S. Jouravlev), assisté de huit prêtres, y compris le recteur du temple, le père Trifon Soukhov (futur évêque de Tomsk-Altaï, Tikhon), le célèbre acteur diocésain le père Daniel Souvorov et d'autres.

La périodique ecclésiastique de l'époque décrit cet événement ainsi : « À 6 heures du matin, la consécration de l'eau a été réalisée, puis celle du temple lui-même... Grâce à Dieu, maintenant les vieux-croyants de Tomsk se réjouissent. En s'approchant du temple et en entendant le puissant carrefour des cloches, ils sont en extase et pleurent de joie, car ce qui s'est produit, nos ancêtres n'auraient même pas pu l'imaginer » (Église. 1913. No47).

L'église en bois à cinq dômes, avec une salle à manger et un clocher à toit en tente, a continué à fonctionner même pendant les années soviétiques, mais a été fermée en 1941 et 1944 et utilisée comme entrepôt. À l'époque soviétique, c'était l'un des rares temples vieux-croyants encore en activité en Sibérie et le seul dans la région de Tomsk. L'église a été visitée par des métropolites de Moscou et de toute la Russie lors de visites archipastorales.

Pour le 400e anniversaire de Tomsk, l'église a été restaurée et a obtenu le statut de monument architectural d'importance fédérale.