A finales del siglo XVIII y principios del XIX, a orillas del río Tom, cerca de la iglesia de la Epifanía, se encontraba un templo de los viejos creyentes de Tomsk, que fue destruido bajo el emperador Nicolás I.

La comunidad recibió legalización en 1907, y Tomsk se convirtió en el centro de la diócesis siberiana, que incluía las provincias de Tomsk, Yeniséisk, Irkutsk y la región de Semipalatinsk. La Duma de la ciudad asignó un terreno para la construcción de un templo de la antigua ortodoxia en la calle, ahora conocida como Yakovleva.

La colocación de la primera piedra del templo tuvo lugar en agosto de 1910, y el templo de madera de la Asunción de la Santísima Virgen María fue completado y consagrado el 22 de septiembre de 1913.

La ceremonia de consagración fue presidida por el primer obispo tomsko-altaico, Ioasaf (I.S. Zhuravlev), quien fue asistido por ocho sacerdotes, incluyendo al rector del templo, el padre Trifón Sukhov (futuro obispo tomsko-altaico, Tikhon), el conocido activista diocesano, el padre Daniil Suvorov, y otros.

La prensa religiosa de la época describe este evento así: «A las 6 de la mañana se realizó la consagración del agua, y luego la del templo mismo... Gracias al Señor Dios, ahora los viejos creyentes de Tomsk se regocijan. Al acercarse al templo y escuchar el poderoso repique de las campanas, se llenan de alegría y lloran de felicidad, pues ha sucedido lo que nuestros antepasados ni siquiera soñaron» (Iglesia. 1913. No47).

La actual iglesia de madera de cinco cúpulas con comedor y campanario en forma de tienda continuó funcionando incluso en los años soviéticos, pero fue cerrada en 1941 y 1944 y utilizada como almacén. En la época soviética, fue uno de los pocos templos de viejos creyentes en Siberia y el único en la provincia de Tomsk. La iglesia fue visitada por los metropolitas de Moscú y de toda Rusia en visitas arciprestales.

Para el 400 aniversario de Tomsk, la iglesia fue restaurada y recibió el estatus de monumento arquitectónico de importancia federal.