Am Ende des 18., Anfang des 19. Jahrhunderts stand am Ufer des Flusses Tom, in der Nähe der Epiphaniaskirche, ein Tempel der tomischen Altgläubigen, der unter Kaiser Nikolaus I. zerstört wurde.

Die Gemeinde erhielt 1907 die Legalisierung, und Tomsk wurde zum Zentrum der Sibirischen Diözese, die die Gouvernements Tomsk, Jenisseisk, Irkutsk und die Region Semipalatinsk umfasste. Die Stadtverordnetenversammlung stellte ein Grundstück für den Bau eines altgläubigen Tempels in der Straße zur Verfügung, die heute als Jakowlew bekannt ist.

Die Grundsteinlegung des Tempels fand im August 1910 statt, und die hölzerne Kirche der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter wurde am 22. September 1913 fertiggestellt und geweiht.

Die Weihe wurde vom ersten tomsko-altaischen Bischof Joasaf (I.S. Schurawljow) geleitet, dem acht Priester, darunter der Pfarrer der Kirche, P. Trifon Suchow (künftiger tomsko-altaischer Bischof Tikhon), der bekannte diözesane Aktivist P. Daniel Suworow und andere zur Seite standen.

Die kirchliche Periodika jener Zeit beschreibt dieses Ereignis so: „Um 6 Uhr morgens wurde die Weihe des Wassers und dann des Tempels selbst vollzogen... Dank sei dem Herrn Gott, nun freuen sich die altgläubigen Tomits. Wenn sie sich dem Tempel nähern und das mächtige Geläut der Glocken hören, geraten sie in Begeisterung und weinen vor Freude, denn es geschah, was unsere Vorfahren sich nicht einmal erträumt hatten“ (Kirche. 1913. Nr. 47).

Die heute bestehende hölzerne Kirche mit fünf Kuppeln, einem Speisesaal und einem spitzen Glockenturm funktionierte sogar in den sowjetischen Jahren weiter, wurde jedoch 1941 und 1944 geschlossen und als Lager genutzt. In der Sowjetzeit war dies einer der wenigen aktiven altgläubigen Tempel in Sibirien und der einzige in der Region Tomsk. Die Kirche wurde von den Metropoliten von Moskau und ganz Russland mit bischöflichen Besuchen aufgesucht.

Zum 400-jährigen Jubiläum von Tomsk wurde die Kirche restauriert und erhielt den Status eines Denkmals von föderaler Bedeutung.