Le temple a été construit entre 1797 et 1804 grâce aux fonds du propriétaire terrien Pavel Petrovitch Narychkine. Le chapelle de droite a été consacrée en l'honneur de sa femme Varvara. L'entrepreneur et constructeur était le paysan local Andreï Ivanovitch Riabina. La chapelle de gauche a été ajoutée en 1890-1891 grâce aux fonds collectés par le prêtre Andreï Bogolioubov, et des dons significatifs ont été faits par la marquise Elizaveta Mikhaïlovna Pauloutchi, qui possédait le village depuis 1881, et son mari Alexandre Filippovitch.

Daria Lavrentiéva, connue sous le nom de Daria Sébastopol, première infirmière russe, était originaire de Kliouchishi. En 1891 et 1892, elle a vécu à Kliouchishi et a offert plusieurs icônes à l'église.

En 1801 et 1825, le prêtre Semyon Ivanovitch Tchernychev a servi dans la paroisse. En 1887 et 1905, le prêtre Andreï Ivanovitch Bogolioubov a officié dans l'église, qui a rédigé et publié une description de l'église et de la paroisse.

À l'époque soviétique, l'église, comme beaucoup d'autres en Russie, a été profanée, pillée et fermée.

La restauration de l'église a eu lieu en 2011 grâce aux fonds de la bienfaitrice Natalia Vladimirovna Deviatykh, présidente du conseil d'administration de la société par actions de la banque « Zarechye ».

Le 26 novembre 2011, l'archevêque de Kazan et du Tatarstan, Anastase, a célébré la consécration solennelle de l'église. Depuis lors, elle a acquis de nouveaux patrons célestes, et les chapelles ont été consacrées en l'honneur des saints Spiridon de Trimiphunte et Nicolas de Myre. L'autel principal, comme à l'époque pré-révolutionnaire, a été consacré en l'honneur de Jean Baptiste.