El templo fue construido entre 1797 y 1804 con fondos del terrateniente Pavel Petrovich Naryshkin. El altar derecho fue consagrado en honor a su esposa Varvara. El contratista y constructor fue el campesino local Andrey Ivanovich Ryabina. El altar izquierdo apareció entre 1890 y 1891 gracias a los fondos recaudados por el sacerdote Andrey Bogolyubov, y significativas donaciones fueron hechas por la marquesa Elizaveta Mikhailovna Paulucchi, quien poseía la aldea desde 1881, y su esposo Alexander Filippovich.

Darya Lavrentiyeva, conocida como Darya de Sebastopol, la primera enfermera rusa, era originaria de Klyuchishchi. En 1891 y 1892, vivió en Klyuchishchi y donó varias íconos a la iglesia.

En 1801 y 1825, el sacerdote Semen Ivanovich Chernyshov sirvió en la parroquia. En 1887 y 1905, el sacerdote Andrey Ivanovich Bogolyubov sirvió en la iglesia, quien elaboró y publicó una descripción del templo y la parroquia.

Durante la época soviética, la iglesia, como muchas otras en Rusia, fue profanada, saqueada y cerrada.

La restauración del templo se llevó a cabo en 2011 con fondos de la benefactora Natalia Vladimirovna Devyatykh, presidenta del consejo de la sociedad anónima del banco "Zarechye".

El 26 de noviembre de 2011, el arzobispo de Kazán y Tatarstán, Anastasio, realizó la consagración solemne de la iglesia. Desde entonces, ha adquirido nuevos patronos celestiales, y los templos laterales fueron consagrados en honor a los santos Spyridon de Trimifunt y Nicolás de Mira. El altar principal, como en los tiempos anteriores a la revolución, fue consagrado en honor a San Juan Bautista.