L'église du village de Maloe Perekopnoe a été construite en 1833 grâce aux fonds des paroissiens. Le bâtiment était en pierre, tout comme le clocher, avec un autel dédié à la Sainte Trinité Vivifiante. L'église était froide et pouvait accueillir entre 345 et 390 personnes. Au moment de sa construction, le village faisait partie du district de Nikolaev dans le gouvernement de Saratov. En 1843, une école publique rurale a été ouverte dans la maison du gardien de l'église, et en 1863, elle est devenue une école de district. En mai 1868, une école du dimanche a été ouverte près du temple.

En 1887, un projet d'agrandissement de l'église a été élaboré, approuvé le 19 juin par le Département de la Construction de l'administration provinciale de Samara. Cependant, en raison d'un agrandissement insuffisant, le projet n'a pas été approuvé par l'administration diocésaine. Plus tard, un nouveau projet a été proposé, qui nécessitait la démolition de la salle à manger et du clocher, l'agrandissement de l'église et la construction d'un nouveau clocher. Ce projet a été approuvé le 5 août 1891 et a reçu l'approbation des autorités diocésaines. Il était prévu de faire de l'église un temple à trois autels.

La construction a été réalisée uniquement grâce aux dons des paroissiens et s'est achevée en 1897. L'église à trois autels est devenue chaude et pouvait accueillir jusqu'à 1 500 personnes. À dix sajenes de l'église se trouvait une maison du gardien en bois. Les deux bâtiments étaient assurés contre l'incendie pour 29 000 roubles. L'autel principal a été consacré le 27 septembre 1897, et les autels des chapelles droite et gauche, respectivement les 1er et 2 novembre 1901. En 1898, une école paroissiale a ouvert dans la maison du gardien.

Sous le régime soviétique, après les changements administratifs du 15 juillet 1928, le village de Maloe Perekopnoe est entré dans la composition de la région de Saratov. Les services religieux dans le temple ont eu lieu jusqu'en 1935, après quoi il a été fermé.

La reconstruction a commencé en 1997. Le 1er novembre 2001, le centenaire du temple a été célébré. Le 13 décembre 2003, le prêtre Vitaly Shovgor a effectué le rite de placement de la Sainte Antimins dans la chapelle droite restaurée. Actuellement, le complexe comprend le bâtiment de l'église et la maison du clergé. L'église est un monument d'architecture d'importance régionale. La restauration a été initiée par les habitants locaux, et une aide significative a été apportée par V.V. Volodin. Le 2 octobre 2010, l'évêque de Saratov et de Volsk, Longin, a célébré la grande consécration de l'église.