La iglesia en el pueblo de Maloe Perekopnoe fue construida en 1833 con fondos de los feligreses. El edificio era de piedra, al igual que el campanario, con un altar en nombre de la Santa Trinidad Vivificante. La iglesia era fría y podía albergar de 345 a 390 personas. En el momento de su construcción, el pueblo formaba parte del distrito de Nikolaev en la provincia de Saratov. En 1843, se abrió una escuela pública rural en la iglesia, ubicada en la casa del sacristán, y en 1863 se convirtió en una escuela de distrito. En mayo de 1868, se inauguró una escuela dominical en el templo.

En 1887, se desarrolló un proyecto para la ampliación del templo, aprobado el 19 de junio por el Departamento de Construcción de la Administración Provincial de Samara. Sin embargo, debido a la insuficiencia de la ampliación, el proyecto no fue aprobado por la administración diocesana. Más tarde, se propuso un nuevo proyecto que requería demoler el comedor y el campanario, ampliar el templo y construir un nuevo campanario. Este proyecto fue aprobado el 5 de agosto de 1891 y recibió la aprobación de las autoridades diocesanas. Se planeaba convertir el templo en uno de tres altares.

La construcción se llevó a cabo únicamente con donaciones de los feligreses y se completó en 1897. La iglesia de tres altares se convirtió en un lugar cálido y podía albergar hasta 1,500 personas. A diez sazhen de la iglesia se encontraba la casa del sacristán. Ambos edificios estaban asegurados contra incendios por 29,000 rublos. El altar principal fue consagrado el 27 de septiembre de 1897, y los altares en las capillas derecha e izquierda, el 1 y 2 de noviembre de 1901, respectivamente. En 1898, se abrió una escuela parroquial en la casa del sacristán.

Durante los años del poder soviético, tras los cambios administrativos del 15 de julio de 1928, el pueblo de Maloe Perekopnoe pasó a formar parte de la provincia de Saratov. Los servicios religiosos en el templo se llevaron a cabo hasta 1935, después de lo cual fue cerrado.

La reconstrucción comenzó en 1997. El 1 de noviembre de 2001 se celebró el centenario del templo. El 13 de diciembre de 2003, el protoiereo Vitaly Shovgor realizó el rito de colocación del Santo Antimis en la capilla derecha restaurada. Actualmente, el complejo incluye el edificio del templo y la casa del clero. El templo es un monumento arquitectónico de importancia regional. La restauración fue iniciada por los habitantes locales, y V.V. Volodin brindó una ayuda significativa. El 2 de octubre de 2010, el obispo de Saratov y Volsk, Longin, realizó la gran consagración del templo.