Die Kirche im Dorf Maloe Perekopnoe wurde 1833 mit Mitteln der Gemeindemitglieder erbaut. Das Gebäude war aus Stein, ebenso wie der Glockenturm, mit einem Altar zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit. Die Kirche war kalt und konnte 345-390 Personen fassen. Zum Zeitpunkt des Baus gehörte das Dorf zum Nikolaevskiy Bezirk der Saratovskaya Provinz. 1843 wurde an der Kirche eine öffentliche Dorfschule eröffnet, die sich im Kirchenschild befand, und 1863 wurde sie zur Landesschule. Im Mai 1868 begann an der Kirche die Arbeit einer Sonntagsschule.

1887 wurde ein Projekt zur Erweiterung der Kirche entwickelt, das am 19. Juni vom Bauamt der Samara-Gouverneursverwaltung genehmigt wurde. Aufgrund unzureichender Erweiterung wurde das Projekt jedoch von der Diözesanverwaltung nicht genehmigt. Später wurde ein neues Projekt vorgeschlagen, das den Abriss des Speisesaals und des Glockenturms, die Erweiterung der Kirche und den Bau eines neuen Glockenturms vorsah. Dieses Projekt wurde am 5. August 1891 genehmigt und erhielt die Zustimmung der diözesanen Behörden. Die Kirche sollte dreisäulig werden.

Der Bau wurde ausschließlich durch Spenden der Gemeindemitglieder finanziert und wurde 1897 abgeschlossen. Die dreisäulige Kirche wurde warm und bot Platz für bis zu 1.500 Personen. Zehn Sazhen von der Kirche entfernt befand sich ein hölzerner Wachdienst. Beide Gebäude waren gegen Feuer auf 29.000 Rubel versichert. Der Hauptaltar wurde am 27. September 1897 geweiht, die Altäre in den rechten und linken Kapellen am 1. und 2. November 1901. 1898 wurde in der Wachdienststelle eine kirchliche Schule eröffnet.

In den Jahren der Sowjetmacht, nach administrativen Veränderungen am 15. Juli 1928, wurde das Dorf Maloe Perekopnoe Teil der Saratovskaya Oblast. Die Gottesdienste in der Kirche fanden bis 1935 statt, danach wurde sie geschlossen.

Die Rekonstruktion begann 1997. Am 1. November 2001 wurde das hundertjährige Bestehen der Kirche gefeiert. Am 13. Dezember 2003 vollzog der Protopresbyter Vitaly Shovgor die Zeremonie der Platzierung des Heiligen Antimens im wiederhergestellten rechten Altar. Heute umfasst der Komplex das Kirchengebäude und das Pfarrhaus. Die Kirche ist ein Denkmal von regionaler Bedeutung. Die Wiederherstellung wurde von den Anwohnern initiiert, und V.V. Volodin leistete erhebliche Unterstützung. Am 2. Oktober 2010 vollzog der Bischof von Saratov und Volsk, Longin, die große Weihe der Kirche.