L'église de la Trinité à Vishnyaki est mentionnée pour la première fois en 1642 comme une construction en bois dans le sloboda des tireurs. En 1678, les tireurs du « commandement de Matveyevsky de Vishnyakov » l'ont érigée en pierre en mémoire de leurs camarades tombés lors du siège de Chigirin. La ruelle, à l'angle de laquelle se trouve le temple, s'appelait auparavant Lujnikovsky (ou Luzhnetsky), mais en 1922, elle a été renommée Vishnyakovsky pour éviter l'homonymie avec les rues de Moscou.

Le destin de Matvey Mikhailovich Vishnyakov, le chef des tireurs, a été tragique. Pendant le soulèvement des tireurs de 1682, il a été mis à la retraite, puis arrêté avec son père, le diacre Mikhail Vishnyakov. Tous deux ont été torturés, et le père est mort, tandis que Matvey a été tonsuré moine et exilé. Son destin ultérieur est inconnu.

Au début du XIXe siècle, l'église a été entièrement reconstruite grâce aux fonds du marchand Semyon Loginovich Lepyoshkin, dont le domaine se trouvait en face. Lepyoshkin était un marchand de la première guilde, conseiller commercial, citoyen d'honneur héréditaire et, de 1846 à 1849, maire de Moscou. À son époque, la société marchande de Moscou a créé un fonds pour l'achat de pain en années de disette, a collecté des dons pour l'illumination de la Place Rouge et du Gostiny Dvor à l'occasion du 700e anniversaire de Moscou, et a établi un hôpital en cas d'épidémie de choléra. Le temple était prêt à être consacré, mais en raison de l'invasion de Napoléon, il n'a pas pu l'être, et après le départ des Français, l'église a dû être réparée.

En 1826, une nouvelle cloche a été ajoutée à l'église dans un style classique. À la fin du XIXe siècle, le temple a été rénové. Le son des cloches de l'église de la Trinité a profondément impressionné le célèbre carillonneur K. K. Saradjev dans son enfance et a influencé son destin.

En 1922, l'église, comme d'autres temples moscovites, a été pillée par le nouveau pouvoir, et une quantité significative d'objets en or et en argent a été confisquée. Peu après, le temple a été fermé, la maison du clergé et le pavillon ont été démolis. Divers bureaux ont été installés dans le bâtiment, et dans les années 1980, il abritait le département des ressources humaines du « Bureau technique de conception de Moscou ». En 1991, l'église a été la première à être restituée aux croyants dans le district de Zamoskvorechye. Aujourd'hui, elle est le temple de l'Université humanitaire orthodoxe Saint-Tikhon, où les enseignants et les étudiants de la faculté des arts ecclésiastiques s'occupent de la décoration intérieure. L'autel est orné d'une mosaïque en smalt dans le style classique byzantin.