Die Dreifaltigkeitskirche in Wischnjaki wird erstmals im Jahr 1642 als Holzbau in der Schützen-Siedlung erwähnt. Im Jahr 1678 errichteten die Schützen des „Matwejewski Kommandos Wischnjaki“ sie aus Stein zum Gedenken an die Gefallenen bei der Belagerung von Tschigirin. Die Gasse, an deren Ecke der Tempel steht, hieß früher Luschnikowski (oder Luschnezkij), wurde jedoch 1922 in Wischnjakowski umbenannt, um Verwechslungen mit gleichnamigen Straßen in Moskau zu vermeiden.

Das Schicksal von Matwej Michailowitsch Wischnjaki, dem Schützenhauptmann, war tragisch. Während des Schützenaufstands von 1682 wurde er in den Ruhestand versetzt und dann zusammen mit seinem Vater, dem Diakon Michail Wischnjaki, verhaftet. Beide wurden gefoltert, der Vater starb, und Matwej wurde zum Mönch geschoren und ins Exil geschickt. Sein weiteres Schicksal ist unbekannt.

Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde die Kirche mit Mitteln des Kaufmanns Semjon Loginowitsch Lepjoschkin, dessen Anwesen sich gegenüber befand, vollständig umgebaut. Lepjoschkin war Kaufmann 1. Gilde, Handelsberater, erblicher Ehrenbürger und von 1846 bis 1849 Bürgermeister von Moskau. In seiner Zeit gründete die Moskauer Kaufmannsgesellschaft einen Fonds zum Kauf von Brot in Misserntejahren, sammelte Spenden für die Beleuchtung des Roten Platzes und des Warenhauses zum 700-jährigen Jubiläum Moskaus und gründete eine Klinik für den Fall einer Choleraepidemie. Der Tempel war bereit zur Weihe, aber aufgrund der Invasion Napoleons konnte er nicht geweiht werden, und nach dem Abzug der Franzosen musste die Kirche repariert werden.

Im Jahr 1826 wurde an die Kirche ein neuer Glockenturm im klassischen Stil angebaut. Ende des 19. Jahrhunderts wurde der Tempel renoviert. Das Glockenläuten der Dreifaltigkeitskirche hinterließ bei dem berühmten Glockenläuter K. K. Saradjev in seiner Kindheit einen starken Eindruck und beeinflusste sein Schicksal.

Im Jahr 1922 wurde die Kirche, wie auch andere Moskauer Tempel, von der neuen Macht geplündert, und es wurden erhebliche Mengen an goldenen und silbernen Gegenständen beschlagnahmt. Bald wurde der Tempel geschlossen, das Pfarrhaus und der Pavillon abgerissen. In dem Gebäude waren verschiedene Büros untergebracht, und in den 1980er Jahren befand sich hier die Personalabteilung des „Moskauer Konstruktionsbüros“. Im Jahr 1991 wurde die Kirche als erste in Samoskworetschje den Gläubigen zurückgegeben. Heute ist sie der Tempel der orthodoxen Heiligen-Tikhon-Humanitären Universität, wo Dozenten und Studenten der Fakultät für kirchliche Kunst mit der Gestaltung des Innenraums beschäftigt sind. Im Altar ist ein Mosaik aus Smalt im byzantinischen klassischen Stil verlegt.