La Iglesia de la Trinidad en Vishnyaki se menciona por primera vez en 1642 como una construcción de madera en la sloboda de los tiradores. En 1678, los tiradores del "Departamento Matveyevsky de Vishnyakov" la levantaron en piedra en memoria de los compañeros que murieron durante el asedio de Chigirin. El callejón en la esquina donde se encuentra el templo se llamaba anteriormente Luzhnikovsky (o Luzhnetsky), pero en 1922 fue renombrado a Vishnyakovsky para evitar la homonimia con las calles de Moscú.

El destino de Matvey Mikhailovich Vishnyakov, el jefe de los tiradores, fue trágico. Durante la revuelta de los tiradores de 1682, fue destituido y luego arrestado junto con su padre, el diácono Mikhail Vishnyakov. Ambos fueron torturados, y el padre murió, mientras que a Matvey lo hicieron monje y lo exiliaron. Su destino posterior es desconocido.

A principios del siglo XIX, la iglesia fue completamente reconstruida con fondos del comerciante Semyon Loginovich Lepyoshkin, cuya mansión estaba enfrente. Lepyoshkin era un comerciante de la primera guilda, consejero de comercio, ciudadano honorario por herencia y alcalde de Moscú de 1846 a 1849. Durante su tiempo, la Sociedad de Comerciantes de Moscú creó un fondo para la compra de pan en años de mala cosecha, recolectó donaciones para la iluminación de la Plaza Roja y el Mercado de Gosti para el 700 aniversario de Moscú, y estableció un hospital en caso de epidemia de cólera. El templo estaba listo para la consagración, pero debido a la invasión de Napoleón no se pudo consagrar, y tras la partida de los franceses, la iglesia tuvo que ser reparada.

En 1826, se añadió un nuevo campanario a la iglesia en estilo clásico. A finales del siglo XIX, el templo fue renovado. El sonido de las campanas de la iglesia de la Trinidad impresionó profundamente al famoso campanero K. K. Saradjev en su infancia y afectó su destino.

En 1922, la iglesia, al igual que otros templos de Moscú, fue saqueada por el nuevo poder, y se confiscó una cantidad significativa de objetos de oro y plata. Poco después, el templo fue cerrado, se demolió la casa del clero y el pabellón. En el edificio se instalaron diversas oficinas, y en la década de 1980, aquí se encontraba el departamento de personal de la "Oficina de Diseño Técnico de Moscú". En 1991, la iglesia fue la primera en Zamoskvorechye en ser devuelta a los creyentes. Hoy es el templo de la Universidad Humanitaria Ortodoxa San Tikhon, donde profesores y estudiantes de la facultad de artes eclesiásticas se encargan de la decoración del interior. En el altar hay un mosaico de esmalte en estilo clásico bizantino.