L'établissement de l'église des Trois Saints est étroitement lié à la création du séminaire spirituel de Tauride à Simferopol. Au départ, l'évêque Alexeï Rjanitsine s'est adressé au Saint-Synode avec une demande d'ouverture du séminaire, mais en raison de difficultés financières, le projet n'a pas été réalisé. Plus tard, l'archevêque Gouriy Karpov, désormais canonisé, a présenté les documents nécessaires au Synode, qui a décidé d'ouvrir le séminaire progressivement sur six ans, à partir de 1870. Le 30 mai 1869, l'empereur Alexandre II a donné la permission de son ouverture. La construction du bâtiment a commencé le 11 avril 1871 selon le projet de l'architecte K.N. Eremeev et de l'ingénieur V.A. Grachev, et les travaux étaient dirigés par l'entrepreneur N.A. Masyakhin.

Avec le temps, il est devenu nécessaire de construire une église séminaire distincte. En 1900, le 18 juillet, une église a été posée en l'honneur du 25e anniversaire du séminaire. L'architecte A.I. Karapetov a présenté le projet et le devis, et la construction a été confiée au marchand Nicolas Soloviev. Les travaux ont commencé en février 1901 et se sont achevés en septembre 1903. L'église a été consacrée le 11 septembre 1903.

La même année, l'inspecteur R. Sokolov a décrit l'église, notant son architecture haute et belle dans le style des anciennes basiliques chrétiennes. L'autel était surélevé et entouré d'un iconostase en chêne, fabriqué à l'usine de Zheverzhev. La partie centrale de l'église était ornée d'une arche soutenant le dôme et divisée en deux nefs. Les fresques ont été réalisées par l'artiste Dmitri Petrovitch Pravednikov.

Après la révolution, en novembre 1920, le séminaire spirituel de Tauride a été fermé, et en 1922, l'église a également été fermée. Dans les années 1920, l'église a perdu ses dômes, ses fresques et son iconostase, et le clocher a été détruit. Pendant longtemps, le bâtiment a été utilisé à d'autres fins, ces dernières années comme archive.

En 1989, l'église a été restituée à l'éparchie de Simferopol et de Crimée, et les services religieux ont repris ici. Le 2 avril 1989, l'archevêque Varlaam a consacré l'église, et elle est redevenue un lieu de prière.

En 1990, le prêtre Georgiy Severin a été nommé recteur. En 1997, avec le retour du séminaire de Tauride et la création d'un institut spirituel pastoral sur sa base, l'église est redevenue un lieu de prière pour les enseignants et les étudiants.

Depuis 2007, l'église a retrouvé son statut de séminaire, et depuis 2008, sa restauration active a commencé.