La fundación de la iglesia de los Tres Santos está estrechamente relacionada con la creación del seminario espiritual de Taurida en Simferópol. Inicialmente, el obispo Alexiy Rzhánitsin se dirigió al Santo Sínodo con la solicitud de abrir el seminario, pero debido a dificultades financieras, el proyecto no se realizó. Más tarde, el arzobispo Guriy Karpov, que ahora es canonizado, presentó los documentos necesarios al Sínodo, que decidió abrir el seminario gradualmente durante seis años, comenzando en 1870. El 30 de mayo de 1869, el emperador Alejandro II dio permiso para su apertura. La construcción del edificio comenzó el 11 de abril de 1871 según el proyecto del arquitecto K.N. Yeremeyev y el ingeniero V.A. Grachev, y el contratista N.A. Masyakhin dirigió los trabajos.

Con el tiempo, surgió la necesidad de construir una iglesia seminarial separada. En 1900, el 18 de julio, se colocó la primera piedra de la iglesia en honor al 25 aniversario del seminario. El arquitecto A.I. Karapetov presentó el proyecto y el presupuesto, y el comerciante Nikolai Solovyov se encargó de la construcción. Los trabajos comenzaron en febrero de 1901 y se completaron en septiembre de 1903. La iglesia fue consagrada el 11 de septiembre de 1903.

Ese mismo año, el inspector R. Sokolov describió la iglesia, destacando su alta y hermosa arquitectura en el estilo de las antiguas basílicas cristianas. El altar estaba elevado y cercado con un iconostasio de roble, fabricado en la fábrica de Zheverzhev. La parte central del templo estaba decorada con un arco que sostenía la cúpula y dividida en dos naves. Las pinturas fueron realizadas por el artista Dmitry Petrovich Pravednikov.

Después de la revolución, en noviembre de 1920, el seminario espiritual de Taurida fue cerrado, y en 1922 también se cerró la iglesia. En la década de 1920, el templo perdió sus cúpulas, pinturas y iconostasio, y el campanario fue destruido. Durante mucho tiempo, el edificio se utilizó para otros fines, en los últimos años como archivo.

En 1989, la iglesia fue devuelta a la diócesis de Simferópol y Crimea, y se reanudaron los servicios religiosos. El 2 de abril de 1989, el arzobispo Varlaam consagró el templo, y volvió a ser un lugar de oración.

En 1990, el protodiácono Georgiy Severin fue nombrado rector. En 1997, con el regreso del seminario de Taurida y la creación de una escuela espiritual pastoral en su base, la iglesia volvió a ser un lugar de oración para profesores y estudiantes.

Desde 2007, el templo recuperó su estatus de seminarial, y desde 2008 comenzó su activa restauración.