Die Gründung der Kirche der Drei Heiligen ist eng mit der Schaffung der Taurischen Geistlichen Akademie in Simferopol verbunden. Ursprünglich wandte sich Bischof Alexius Rzhanytsyn an den Heiligen Synod mit der Bitte um die Eröffnung der Akademie, doch aufgrund finanzieller Schwierigkeiten wurde das Projekt nicht realisiert. Später legte Erzbischof Guriy Karpov, der inzwischen heiliggesprochen wurde, die erforderlichen Dokumente beim Synod vor, der beschloss, die Akademie schrittweise über sechs Jahre ab 1870 zu eröffnen. Am 30. Mai 1869 erteilte Kaiser Alexander II. die Genehmigung zur Eröffnung. Der Bau des Gebäudes begann am 11. April 1871 nach den Plänen des Architekten K.N. Jeremeev und des Ingenieurs V.A. Grachev, und die Arbeiten wurden von dem Auftragnehmer N.A. Masyakhin geleitet.

Im Laufe der Zeit entstand die Notwendigkeit, eine separate Akademiekirche zu bauen. Am 18. Juli 1900 wurde zu Ehren des 25-jährigen Bestehens der Akademie die Kirche geweiht. Der Architekt A.I. Karapetov legte das Projekt und die Kostenschätzung vor, und der Kaufmann Nikolai Solovyov übernahm den Bau. Die Arbeiten begannen im Februar 1901 und wurden im September 1903 abgeschlossen. Die Kirche wurde am 11. September 1903 geweiht.

Im selben Jahr beschrieb der Inspektor R. Sokolov die Kirche und hob ihre hohe und schöne Architektur im Stil der frühchristlichen Basiliken hervor. Der Altar war erhöht und mit einem Eichenikonenretabel, das in der Fabrik von Zheverzhev hergestellt wurde, umgeben. Der mittlere Teil des Tempels war mit einem Bogen geschmückt, der die Kuppel stützte, und in zwei Schiffe unterteilt. Die Malereien wurden von dem Künstler Dmitry Petrovich Pravednikov ausgeführt.

Nach der Revolution wurde die Taurische Geistliche Akademie im November 1920 geschlossen, und 1922 wurde auch die Kirche geschlossen. In den 1920er Jahren verlor der Tempel seine Kuppeln, Malereien und Ikonostase, und der Glockenturm wurde zerstört. Lange Zeit wurde das Gebäude nicht entsprechend seiner Bestimmung genutzt, in den letzten Jahren als Archiv.

1989 wurde die Kirche der Simferopoler und Krim Diözese zurückgegeben, und die Gottesdienste wurden hier wieder aufgenommen. Am 2. April 1989 weihte Erzbischof Varlaam den Tempel, und er wurde erneut zu einem Ort des Gebets.

1990 wurde der Protopriester Georgiy Severin zum Pfarrer ernannt. 1997, mit der Rückkehr der Taurischen Akademie und der Schaffung einer pastoralen theologischen Schule auf ihrer Basis, wurde die Kirche erneut zu einem Ort des Gebets für Lehrer und Studenten.

Seit 2007 erhielt die Kirche den Status einer Akademiekirche zurück, und ab 2008 begann ihre aktive Restaurierung.