L'histoire du christianisme orthodoxe en Bolivie est relativement courte même par rapport à d'autres pays d'Amérique du Sud. La Bolivie, pendant presque toute la durée de son existence indépendante, est restée instable et troublée, ce qui explique pourquoi les émigrants choisissaient souvent d'autres pays de la région, comme l'Argentine ou le Brésil, pour s'installer. Il y a toujours eu peu de chrétiens orthodoxes en Bolivie, et ils sont arrivés ici plus tard qu'ailleurs. La présence de l'Église a réellement commencé seulement au XXIe siècle.

La première église orthodoxe en Bolivie a été récemment construite par des chrétiens russes dans la plus grande ville du pays, La Paz. En trois ans, des fonds suffisants ont été collectés pour la construction grâce à environ 50 donateurs, parmi lesquels des employés de l'ambassade de Russie en Bolivie. L'architecte Larisa Kousablik, résidant en Bolivie, a préparé le projet de l'église. L'iconostase a été fabriquée à Serguiev Possad, et l'une des églises de New York a offert dix icônes. Le Patriarcat de Moscou a fourni le matériel liturgique.

Le 24 février 2008, l'archevêque Platon, évêque en charge de l'Église orthodoxe russe en Argentine et en Amérique du Sud, a consacré l'église au nom de la Sainte Trinité, a célébré la Divine Liturgie, ainsi que le baptême et le mariage des paroissiens locaux.

L'ouverture des Boliviens autochtones à l'orthodoxie est confirmée par un incident survenu à Noël 2009, lorsque deux citoyennes boliviennes de la tribu quechua ont été baptisées dans l'église de Saint Thomas à Moscou, sur Kantemirovskaya. Le prêtre Daniil Sysoev, qui a effectué le baptême, a raconté qu'ils discutaient de la foi, et le Credo des femmes était lu en espagnol, qu'il avait trouvé sur Internet. Leur amie du Pérou, appartenant à la tribu inca et vivant à Moscou depuis longtemps, leur avait parlé de la foi orthodoxe. Lors du baptême, les femmes ont reçu les noms de Marie et Élisabeth en l'honneur de Marie Madeleine et de la Sainte Martyre Élisabeth Féodorovna Romanova. Le père Daniil a noté que c'était peut-être le premier cas dans l'histoire où des Indiens quechuas ont accepté l'orthodoxie.