La historia del Ortodoxia en Bolivia es relativamente corta incluso en comparación con otros países de América del Sur. Bolivia ha permanecido inquieta e inestable durante casi toda su existencia independiente, lo que explica por qué los emigrantes a menudo elegían otros países de la región, como Argentina o Brasil, para trasladarse. Siempre ha habido pocos cristianos ortodoxos en Bolivia, y llegaron aquí más tarde que en otros lugares. La presencia eclesiástica propiamente dicha comenzó solo en el siglo XXI.

La primera iglesia ortodoxa en Bolivia fue construida recientemente por cristianos rusos en la ciudad más grande del país, La Paz. En tres años se recaudaron suficientes fondos para la construcción gracias a aproximadamente 50 donantes, entre los cuales se encontraban empleados de la embajada rusa en Bolivia. La arquitecta Larisa Kusablik, residente en Bolivia, preparó el proyecto de la iglesia. El iconostasio fue fabricado en Sergiev Posad, y una de las iglesias de Nueva York donó diez íconos. El Patriarcado de Moscú proporcionó los utensilios litúrgicos.

El 24 de febrero de 2008, el metropolitano Platón, obispo gobernante de la diócesis de Argentina y Sudamérica del Patriarcado de Moscú, consagró la iglesia en honor a la Santísima Trinidad, celebró la Divina Liturgia, así como el bautismo y el matrimonio de los feligreses locales.

La apertura de los indígenas bolivianos hacia el Ortodoxia se confirma con un caso que ocurrió en Navidad de 2009, cuando en la iglesia moscovita del apóstol Tomás en Kantemirovskaya fueron bautizadas dos ciudadanas bolivianas de la tribu quechua. El sacerdote Daniil Sysoev, quien realizó el bautismo, contó que discutieron sobre la fe, y el Credo fue leído por las mujeres en español, que él encontró en internet. Su amiga de Perú, perteneciente a la tribu inca y que vive en Moscú desde hace tiempo, les habló sobre la fe ortodoxa. En el bautismo, las mujeres recibieron los nombres de María y Elisabet en honor a María Magdalena y a la santa mártir Elisabet Feodorovna Romanova. El padre Daniil señaló que, posiblemente, este sea el primer caso en la historia en que los indígenas quechuas aceptaron el Ortodoxia.