Le principal temple Nicolas du monastère est devenu trop petit en raison de l'augmentation du nombre de moines et de fidèles. C'est pourquoi le supérieur, l'archimandrite Athanase, avec la communauté, s'est adressé à l'évêque de Perm et d'Ekaterinbourg, Justin, pour demander la permission de construire un deuxième temple en pierre. La consistoire spirituelle de Perm a donné son autorisation le 3 août 1821 pour l'édification d'un grand temple en pierre au nom de la Transfiguration du Seigneur, avec deux chapelles : en l'honneur de l'Annonciation de la Sainte Vierge et de l'archange Michel, ainsi qu'un clocher. La pose de la première pierre a eu lieu le 28 août 1821, et le 30 août 1834, le principal temple de la Transfiguration a été consacré par l'archevêque de Perm et de Verkhoturye, Arcadius. Les chapelles ont été consacrées par lui le 25 juillet 1837.

Derrière le chœur principal du temple de la Transfiguration, sous le sol, dans une crypte spécialement aménagée, repose le corps de l'archevêque de Perm et de Verkhoturye, Neophyte. En 1869, une grille en fer a été installée au-dessus de sa tombe, avec quatre colonnes en fonte et une plaque en fonte portant l'inscription sur le temps et le lieu de son décès. En 1877, un petit kiosque a été aménagé dans le mur, où, selon le testament de Neophyte, ont été placées ses icônes de cellule. Sous le chœur gauche repose le supérieur du monastère, l'archimandrite Gabriel.

À Verkhoturye, le 19 janvier 2015, dans l'église de la Transfiguration du monastère masculin Saint-Nicolas, une cloche unique de 16 tonnes a été consacrée. L'idée de sa fabrication appartenait aux autorités de la région de Sverdlovsk et a été soutenue par le métropolite d'Ekaterinbourg et de Verkhoturye, Cyril. Un an plus tard, la cloche a sonné pour la première fois sur le territoire du monastère. Le métropolite a souligné qu'il y a maintenant une "cloche du Tsar de l'Oural" dans la région, qui sonnera comme la voix du christianisme orthodoxe. La cérémonie de consécration a été marquée par la participation du gouverneur Evgueni Kouivachev, qui a frappé la cloche en premier avec le métropolite. Cette cloche pèse plus de 16 tonnes et figure parmi les vingt plus grandes de Russie. Par temps calme, son son est audible à plus de 10 km. La cloche est ornée de six icônes grandeur nature : de la Sainte Trinité, de l'apôtre saint André, de saint Nicolas le Miracleux, des saints martyrs royaux, du saint martyr Tsar Nicolas II et du saint juste Siméon de Verkhoturye.