Der Haupt-Nikolai-Tempel des Klosters wurde aufgrund der steigenden Zahl von Mönchen und Gläubigen zu klein. Daher wandte sich der Abt Archimandrit Afanasij zusammen mit der Bruderschaft an den Bischof von Perm und Jekaterinburg, Justin, mit der Bitte um Erlaubnis zum Bau einer zweiten steinernen Kirche. Die Permische Geistliche Konsistenz erteilte am 3. August 1821 die Genehmigung zum Bau einer großen steinernen Kirche im Namen der Verklärung des Herrn mit zwei Seitenaltären: zu Ehren der Verkündigung der Heiligen Gottesmutter und des Erzengels Michael sowie mit einem Glockenturm. Die Grundsteinlegung der Kirche fand am 28. August 1821 statt, und am 30. August 1834 wurde der Haupttempel der Verklärung von dem Erzbischof von Perm und Verchoturje, Arkadij, geweiht. Die Seitenaltäre wurden am 25. Juli 1837 ebenfalls von ihm geweiht.

Hinter dem Hauptchor der Verklärungskirche, unter dem Boden, ruht in einem speziell angelegten Grab das Körper des Erzbischofs von Perm und Verchoturje, Neofit. Im Jahr 1869 wurde über seinem Grab ein eisernes Gitter mit vier gusseisernen Säulen und eine gusseiserne Tafel mit der Inschrift über Zeit und Ort seines Todes angebracht. Im Jahr 1877 wurde in der Wand eine kleine Ikone eingerichtet, in der gemäß dem Testament von Neofit seine Klosterikonen untergebracht sind. Unter dem linken Chor wurde der Abt des Klosters, Archimandrit Gavriil, beigesetzt.

In Verchoturje wurde am 19. Januar 2015 in der Spaso-Verklärungskirche des Heiligen Nikolaus Männerklosters eine einzigartige 16-Tonnen-Glocke geweiht. Die Idee ihrer Gießung stammt von den Behörden der Region Swerdlowsk und wurde von dem Erzbischof von Jekaterinburg und Verchoturje, Kirill, unterstützt. Ein Jahr später ertönte die Glocke erstmals auf dem Gelände des Klosters. Der Erzbischof bemerkte, dass die Region nun ihre eigene „Ural-Zarenglocke“ hat, die als Stimme des Orthodoxen Glaubens erklingen wird. An der Weihe nahm der Gouverneur Jewgenij Kuivaschev teil, der zusammen mit dem Erzbischof als Erster die Glocke schlug. Diese Glocke wiegt über 16 Tonnen und gehört zu den zwanzig größten in Russland. Bei ruhigem Wetter ist ihr Klang über eine Entfernung von mehr als 10 km zu hören. Auf der Glocke sind sechs lebensgroße Ikonen abgebildet: der Heiligen Dreifaltigkeit, des heiligen Apostels Andreas des Erstberufenen, des heiligen Nikolaus des Wundertäters, der heiligen königlichen Märtyrer, des heiligen Märtyrers Zar Nikolaus II. und des heiligen Gerechten Simeon von Verchoturje.