El principal templo Nicolás del monasterio se volvió pequeño debido al aumento del número de monjes y feligreses. Por lo tanto, el abad archimandrita Afanasi junto con la comunidad se dirigió al obispo de Perm y Ekaterimburgo, Iustin, con la solicitud de permitir la construcción de un segundo templo de piedra. La consistencia espiritual de Perm otorgó el 3 de agosto de 1821 el permiso para la construcción de una gran iglesia de piedra en nombre de la Transfiguración del Señor con dos capillas: en honor de la Anunciación de la Santísima Virgen María y del Arcángel San Miguel, así como con un campanario. La colocación de la iglesia tuvo lugar el 28 de agosto de 1821, y el 30 de agosto de 1834, el principal templo de la Transfiguración fue consagrado por el arzobispo de Perm y Verkhoturye, Arcadio. Las capillas fueron consagradas por él el 25 de julio de 1837.

Detrás del coro principal de la iglesia de la Transfiguración, bajo el suelo, en una cripta especialmente construida, reposa el cuerpo del arzobispo de Perm y Verkhoturye, Neófito. En 1869, se instaló una reja de hierro sobre su tumba con cuatro columnas de hierro fundido y una placa de hierro con la inscripción sobre el tiempo y lugar de su fallecimiento. En 1877, se construyó un pequeño iconostasio en la pared, donde, según el testamento de Neófito, se colocaron sus íconos de celda. Bajo el coro izquierdo está enterrado el abad del monasterio, archimandrita Gabriel.

En Verkhoturye, el 19 de enero de 2015, se consagró una campana única de 16 toneladas en la iglesia de la Transfiguración del monasterio masculino de San Nicolás. La idea de su fundición pertenecía a las autoridades de la región de Sverdlovsk y fue apoyada por el metropolitano de Ekaterimburgo y Verkhoturye, Kiril. Un año después, la campana sonó por primera vez en el territorio del monasterio. El metropolitano destacó que ahora la región tiene su propio "Campana del Zar de los Urales", que sonará como la voz del cristianismo ortodoxo. En la ceremonia de consagración participó el gobernador Evgeny Kuyvashev, quien junto con el metropolitano fue el primero en tocar la campana. Esta campana pesa más de 16 toneladas y está entre las veinte más grandes de Rusia. En un día tranquilo, su sonido se escucha a más de 10 km de distancia. En la campana están representadas seis íconos a tamaño natural: de la Santísima Trinidad, del apóstol San Andrés, de San Nicolás el Milagroso, de los Santos Reyes Mártires, del santo mártir el Zar Nicolás II y del santo justo Simeón de Verkhoturye.