L'église dont il est question est le seul vestige de la colonie des émigrés de Veliki Novgorod à Loubjanka. Ces personnes se sont installées à Moscou non de leur plein gré, mais sur ordre du grand prince de Moscou, et cherchaient à créer un endroit qui leur rappelle leur ville natale.

Jusqu'en 1922, la rue Pouchéchnaïa s'appelait Sofiïka en l'honneur de l'église de la Sagesse Divine. Ce nom n'a pas été choisi par hasard : après l'annexion de la république novgorodienne au principauté de Moscou, de nombreux nobles novgorodiens ont été déplacés dans la capitale, tandis que leurs places étaient occupées par des personnes loyales au nouveau pouvoir. Les émigrés ont fondé une colonie compacte et ont nommé la rue voisine d'après le quartier de Loubianitsi, et ont également construit une église rappelant la cathédrale de Sainte-Sophie. La première église en bois de Sainte-Sophie est mentionnée en 1480. Le style novgorodien de l'église soulignait la chapelle au nom de saint Nikita de Novgorod. Le bâtiment de l'église a été rénové plusieurs fois : en 1650, il a été reconstruit, et en 1685, il a brûlé. Avec les fonds du stolnik Moïse Ovtsine, la construction d'une église en pierre avec une chapelle dédiée à saint Nicolas le Miracle-Faire a commencé en 1691 et a été achevée un an plus tard.

La majeure partie de l'église a été conservée depuis la fin du XVIIe siècle, mais au fil du temps, elle a été agrandie avec de nouveaux éléments de la salle à manger et du clocher, et la façade originale a été modifiée. Au lieu de cinq dômes, un dôme unique est apparu dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, les fenêtres ont été élargies et les encadrements ont disparu. Le clocher a été construit en 1816 dans le style Empire, avec des portiques toscans et un traitement rustique, et la cloche a été faite octogonale avec un pinacle. La salle à manger a été reconstruite en 1842, et à ce moment-là, une seconde chapelle a été ajoutée en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan. En raison de l'emplacement angulaire par rapport à la rue Pouchéchnaïa, la structure du bâtiment est devenue asymétrique, et la chapelle de Kazan a été faite tronquée pour respecter la ligne rouge de la rue.

En 1932, l'église a été fermée et remise aux autorités de la sécurité d'État. L'église a perdu son dôme et le sommet du clocher, les portiques ont été détruits, et elle est devenue une usine expérimentale de produits sportifs de la société "Dynamo". Dans les années 1980, l'environnement historique de l'église a été complètement démoli, mais le bâtiment lui-même a été conservé. Le territoire de la cour de l'église a été construit avec de nouveaux bâtiments de la sécurité d'État. Depuis 2001, les services religieux dans l'église ont repris, et elle a obtenu le statut d'église paroissiale auprès du FSB.