La iglesia de la que se habla es el único recordatorio que ha sobrevivido del asentamiento de los emigrantes de Veliky Novgorod en Lubyanka. Estas personas se trasladaron a Moscú no por su propia voluntad, sino por orden del gran príncipe de Moscú, y buscaban crear en el nuevo lugar algo que les recordara su ciudad natal.

Hasta 1922, la calle Pushechnaya se llamaba Sofiyka en honor al templo de Sofía Sabiduría de Dios. Este nombre no fue elegido al azar: tras la incorporación de la república de Novgorod al principado de Moscú, muchos nobles novgorodenses se trasladaron a la capital, y sus lugares fueron ocupados por personas leales al nuevo poder. Los emigrantes fundaron un asentamiento compacto y nombraron la calle vecina en honor al distrito de Lubyanyts, además de construir un templo que recordaba a la catedral de Sofía. La primera iglesia de madera de Santa Sofía se menciona en 1480. El estilo novgorodense del templo subrayaba la capilla en honor a San Nikita de Novgorod. El edificio de la iglesia fue renovado varias veces: en 1650 fue reconstruido, y en 1685 se incendió. Con los fondos del boyardo Moisés Ovtsyn, en 1691 se inició la construcción de una iglesia de piedra con la capilla de San Nicolás el Milagroso, que se completó un año después.

La mayor parte del templo ha sobrevivido desde finales del siglo XVII, pero con el tiempo fue ampliada con nuevos elementos de la refectorio y el campanario, y la fachada original cambió. En lugar de cinco cúpulas, en la segunda mitad del siglo XVIII apareció una cúpula con una sola cabeza, las ventanas se ampliaron y los marcos se perdieron. El campanario fue construido en 1816 en estilo imperio, con pórticos toscanos y tratamiento rústico, y la parte de campanas se hizo octogonal con un pináculo. La refectorio fue reconstruida en 1842, y en ese momento se añadió una segunda capilla en honor a la imagen de la Madre de Dios de Kazán. Debido a la ubicación en esquina hacia la calle Pushechnaya, la estructura del edificio resultó asimétrica, y la capilla de Kazán se hizo truncada para cumplir con la línea roja de la calle.

Para 1932, la iglesia fue cerrada y entregada a las autoridades de seguridad del estado. El templo perdió su cúpula y la parte superior del campanario, los pórticos fueron destruidos, y se convirtió en una fábrica experimental de productos deportivos de la sociedad "Dynamo". Para la década de 1980, el entorno histórico del templo fue completamente demolido, pero el edificio en sí se mantuvo. El territorio del patio de la iglesia fue construido con nuevos edificios de seguridad del estado. Desde 2001, los servicios religiosos en el templo se han reanudado, y ha recibido el estatus de iglesia parroquial bajo el FSB.