Die Kirche, von der die Rede ist, ist das einzige erhaltene Zeugnis der Ansiedlung von Auswanderern aus Nowgorod an der Lubjanka. Diese Menschen siedelten nicht aus eigenem Willen nach Moskau über, sondern auf Befehl des Großfürsten von Moskau, und strebten danach, an ihrem neuen Ort etwas zu schaffen, das sie an ihre Heimatstadt erinnerte.

Bis 1922 hieß die Puschkinskaja Straße Sofijka zu Ehren der Kirche der Heiligen Sophia. Diese Bezeichnung wurde nicht zufällig gewählt: Nach der Eingliederung der Nowgoroder Republik in das Moskauer Fürstentum wurden viele angesehene Nowgoroder in die Hauptstadt umgesiedelt, während ihre Plätze von loyalen Menschen der neuen Macht eingenommen wurden. Die Umsiedler gründeten eine kompakte Siedlung und benannten die benachbarte Straße nach dem Stadtteil Lubjaniz, zudem errichteten sie eine Kirche, die an die Sophienkathedrale erinnerte. Die erste hölzerne Kirche der Heiligen Sophia wird 1480 erwähnt. Der Nowgoroder Stil der Kirche betonte die Kapelle zu Ehren des heiligen Nikita von Nowgorod. Das Gebäude der Kirche wurde mehrmals erneuert: 1650 wurde es neu errichtet, und 1685 brannte es nieder. Mit Mitteln des Stalnik Moisey Ovtsin begann 1691 der Bau einer Steinkirche mit einer Kapelle des heiligen Nikolaus des Wundertäters, der ein Jahr später abgeschlossen wurde.

Der Hauptteil der Kirche ist seit dem späten 17. Jahrhundert erhalten, wurde jedoch im Laufe der Zeit mit neuen Elementen der Tafel und des Glockenturms umgebaut, und die ursprüngliche Fassade wurde verändert. Anstelle der fünf Kuppeln erschien in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts eine Kuppel mit einer Kuppel, die Fenster wurden vergrößert, und die Rahmen gingen verloren. Der Glockenturm wurde 1816 im Empire-Stil mit toskanischen Portiken und rustikaler Bearbeitung erbaut, die Glockenebene wurde achteckig mit einem Spitzdach gestaltet. Die Tafel wurde 1842 neu errichtet, und gleichzeitig wurde eine zweite Kapelle zu Ehren der Kazan-Ikone der Gottesmutter hinzugefügt. Aufgrund der Ecklage zur Puschkinskaja Straße wurde die Struktur des Gebäudes asymmetrisch, und die Kazan-Kapelle wurde verkürzt, um die rote Linie der Straße einzuhalten.

Bis 1932 wurde die Kirche geschlossen und den Sicherheitsbehörden übergeben. Der Tempel verlor seine Kuppel und den Abschluss des Glockenturms, die Portiken wurden zerstört, und er wurde zur Experimentellen Fabrik für Sportartikel der Gesellschaft „Dynamo“. Bis zu den 1980er Jahren wurde das historische Umfeld der Kirche vollständig abgerissen, aber das Gebäude selbst blieb erhalten. Das Gebiet des Kirchhofs wurde mit neuen Gebäuden der Sicherheitsbehörden bebaut. Seit 2001 werden die Gottesdienste in der Kirche wieder aufgenommen, und sie erhielt den Status einer Pfarrkirche bei der FSB.