L'église du vénérable Serge à Krapivniki est connue depuis la fin du XVIe siècle et est représentée sur le "plan de Pierre" de Moscou, ce qui constitue le seul témoignage de l'existence d'un temple à coupole unique à cette époque. La première mention écrite de l'église date de 1625, lorsqu'elle était en bois.

Le nom "à Krapivniki" a plusieurs versions d'origine. L'une d'elles suppose que ce nom est lié à une région peu peuplée, envahie par des mauvaises herbes et de l'ortie. Une autre version le relie au nom du propriétaire d'une des cours dans la ruelle où se trouve l'église.

En 1752, à proximité du temple se trouvait la propriété du conseiller Alexeï Krapivin. L'église était également appelée "à Vieux Argentiers", "près du Tuyau" et "à Sidorov". Avant la révolution, c'était le seul temple au centre de Moscou, dont le principal autel était consacré au vénérable Serge de Radonège.

L'église de Serge est petite, située à angle avec la ruelle Krapiven, et son clocher dépasse sur la route, ce qui témoigne de l'ancienneté de la construction. La partie la plus ancienne du temple, le carré, a été construite en 1678. Au nord, au sud et à l'ouest, elle est entourée d'annexes plus récentes, tandis que le mur est est resté intact, conservant l'abside de l'autel, les encadrements des fenêtres et l'ancienne corniche. À l'origine, l'église était probablement à coupole unique.

Le chapelle sud au nom de la Décollation de la tête de Jean-Baptiste a été ajoutée en 1702 et reliée à la salle de banquet. En 1885-1886, elle a été agrandie, déplaçant l'abside vers l'est pour qu'elle soit au même niveau que les autres autels. Maintenant, cette chapelle est dédiée à tous les saints qui ont brillé sur la terre russe.

En 1749, l'église a été reconstruite et a acquis son apparence moderne. Au-dessus de l'ancien carré est apparu un nouveau couronnement avec des niches en arc et des pilastres, surmonté d'un dôme octogonal. À cette époque, une chapelle nord dédiée à Nicolas a été ajoutée, consacrée en 1998 au nom de Séraphim de Sarov. L'église a acquis des traits baroques, et il est possible que la reconstruction ait été réalisée selon le projet du maître de l'école du prince D.V. Oukhtomski.

Dans l'église de Serge, V.F. Odoïevski a été baptisé. En 1812, pendant l'occupation de Moscou par l'armée napoléonienne, l'église a été endommagée et a été rattachée à l'église de Jean l'Évangéliste. Les services religieux ont repris en 1875.

Le 15 novembre 1883, l'église a été transférée au Patriarcat de Constantinople pour l'établissement d'un monastère. En 1920, des valeurs ont été retirées de l'église, ce qui a provoqué des troubles parmi les paroissiens. En 1934, le dernier prêtre grec est décédé, et le temple a été fermé en 1938. À la fin des années 1930, une production de meulage de patins a été installée ici. L'église a été consacrée le 30 août 1991 par le patriarche Alexis II et est devenue un monastère patriarcal.

En 2001, le clocher a été restauré, et en 2010, la chapelle en l'honneur de tous les saints a été consacrée. En 2013, la peinture de la chapelle Séraphim a été ouverte. Sur le mur nord de l'église, des planches avec des inscriptions sur les paroissiens enterrés y sont installées, parmi lesquelles des représentants de la famille Oukhtomski. Le nécropole de l'église de Serge est l'une des plus connues à Moscou.

Depuis 1991, l'église abrite la Croix de Kiev, une relique significative du christianisme, fabriquée sur ordre du patriarche Nikon. La croix contient des particules des reliques de 104 saints et 16 pierres de Palestine. Parmi les autres saintes reliques de l'église, les icônes de la Mère de Dieu Théodorovska et du vénérable Serge de Radonège.