Die Kirche des heiligen Sergius in Krapivniki ist seit Ende des 16. Jahrhunderts bekannt und auf dem "Peter'schen Plan" von Moskau abgebildet, was das einzige Zeugnis für die Existenz einer einschiffigen Kirche zu dieser Zeit ist. Die erste schriftliche Erwähnung der Kirche stammt aus dem Jahr 1625, als sie aus Holz war.

Der Name "in Krapivniki" hat mehrere Herkunftsvarianten. Eine davon vermutet, dass der Name mit einer dünn besiedelten Gegend verbunden ist, die mit Unkraut und Brennnesseln bewachsen ist. Eine andere Version verbindet ihn mit dem Namen des Besitzers eines der Höhlen in der Gasse, in der die Kirche steht.

Im Jahr 1752 befand sich in der Nähe des Tempels das Anwesen des Kollegialassessors Alexei Krapivin. Die Kirche wurde auch "in den alten Silberniks", "bei der Röhre" und "in den Wachen" genannt. Vor der Revolution war dies die einzige Kirche im Zentrum Moskaus, deren Hauptaltar zu Ehren des heiligen Sergius von Radonesch geweiht war.

Die Sergius-Kirche ist klein, steht schräg zur Krapivensky-Gasse, und ihr Glockenturm ragt in die Fahrbahn, was auf das Alter des Gebäudes hinweist. Der älteste Teil des Tempels, der viereckige Raum, wurde 1678 erbaut. Im Norden, Süden und Westen wird er von späteren Anbauten umgeben, während die östliche Wand unberührt blieb und die Altarapsis, die Fensterlaibungen und die alte Gesims bewahrt hat. Ursprünglich war die Kirche wahrscheinlich einschiffig.

Die südliche Kapelle zu Ehren der Enthauptung des heiligen Johannes des Täufers wurde 1702 hinzugefügt und mit dem Speisesaal verbunden. In den Jahren 1885-1886 wurde sie vergrößert, indem die Apsis nach Osten verschoben wurde, um sie auf eine Linie mit den anderen Altären zu bringen. Jetzt ist diese Kapelle allen Heiligen gewidmet, die im russischen Land leuchteten.

Im Jahr 1749 wurde die Kirche umgebaut und erhielt ihr modernes Aussehen. Über dem alten viereckigen Raum erschien eine neue Abschluss mit bogenförmigen Nischen und Pilastern, gekrönt von einer achteckigen Kuppel. Zur gleichen Zeit wurde die nördliche Nikolai-Kapelle angebaut, die 1998 zu Ehren des heiligen Seraphim von Sarow geweiht wurde. Die Kirche erhielt Merkmale des Barock, und möglicherweise wurde der Umbau nach einem Entwurf des Meisters der Schule von Fürst D.V. Ukhtomsky durchgeführt.

In der Sergius-Kirche wurde W.F. Odoyevsky getauft. Im Jahr 1812, während der Besetzung Moskaus durch die napoleonischen Truppen, wurde die Kirche beschädigt und der Kirche des heiligen Johannes des Evangelisten zugeordnet. Die Gottesdienste wurden 1875 wieder aufgenommen.

Am 15. November 1883 wurde die Kirche dem Ökumenischen Patriarchat zur Einrichtung eines Klosters übergeben. Im Jahr 1920 wurden aus der Kirche Werte entnommen, was zu Unruhen unter den Gläubigen führte. 1934 starb der letzte griechische Priester, und die Kirche wurde 1938 geschlossen. Ende der 1930er Jahre wurde hier eine Produktion zur Schärfung von Schlittschuhen eingerichtet. Der Tempel wurde am 30. August 1991 von Patriarch Alexius II. geweiht und wurde zum Patriarchalen Kloster.

Im Jahr 2001 wurde der Glockenturm restauriert, und 2010 wurde die Kapelle zu Ehren aller Heiligen geweiht. 2013 wurde die Malerei der Seraphim-Kapelle eröffnet. An der Nordwand der Kirche wurden Tafeln mit Inschriften über die beigesetzten Gläubigen angebracht, darunter Vertreter des Geschlechts Ukhtomsky. Der Nekropolis der Sergius-Kirche ist einer der bekanntesten in Moskau.

Seit 1991 wird in der Kirche das Kijewski-Kreuz aufbewahrt, ein bedeutendes Reliquiar des Christentums, das auf Befehl von Patriarch Nikon hergestellt wurde. Das Kreuz enthält Partikel der Reliquien von 104 Heiligen und 16 Steinen aus Palästina. Zu den anderen Heiligkeiten der Kirche gehören die Ikonen der Gottesmutter von Theodor und des heiligen Sergius von Radonesch.