La iglesia del venerable Sergio en Krapivniki es conocida desde finales del siglo XVI y está representada en el "dibujo de Pedro" de Moscú, que es el único testimonio de la existencia de un templo de una cúpula en ese tiempo. La primera mención escrita de la iglesia data de 1625, cuando era de madera.

El nombre "en Krapivniki" tiene varias versiones de origen. Una de ellas sugiere que este nombre está relacionado con una zona poco poblada, cubierta de maleza y ortigas. Otra versión lo vincula con el nombre del propietario de uno de los patios en el callejón donde se encuentra la iglesia.

En 1752, cerca del templo había una propiedad del assessor colegial Alexei Krapivin. La iglesia también era conocida como "en los Viejos Plata", "junto a la Tubo" y "en los Vigilantes". Antes de la revolución, era el único templo en el centro de Moscú, cuyo altar principal estaba consagrado en honor al venerable Sergio de Radonezh.

La iglesia de Sergio es pequeña, está situada en ángulo con respecto al callejón Krapiven, y su campanario sobresale en la vía pública, lo que indica la antigüedad de la construcción. La parte más antigua del templo, el cuarto, fue construida en 1678. Al norte, sur y oeste, está rodeada de anexos más recientes, mientras que la pared oriental ha permanecido intacta, conservando la ábside del altar, los marcos de las ventanas y la antigua cornisa. Originalmente, la iglesia, probablemente, era de una cúpula.

El altar sur en honor a la Decapitación de la Cabeza de Juan el Bautista fue añadido en 1702 y se unió con la sacristía. En 1885-1886, se amplió, desplazando la ábside hacia el este, para que quedara a la par con otros altares. Ahora este altar está dedicado a todos los santos que han brillado en la tierra rusa.

En 1749, la iglesia fue reconstruida y adquirió su aspecto moderno. Sobre el antiguo cuarto apareció un nuevo remate con nichos arqueados y pilastras, coronado con una cúpula octogonal. También se añadió el altar norte de Nicolás, consagrado en 1998 en honor a Serafín de Sarov. La iglesia adquirió rasgos barrocos, y es posible que la reconstrucción se llevara a cabo según el proyecto del maestro de la escuela del príncipe D.V. Ujdomsky.

En la iglesia de Sergio fue bautizado V.F. Odoevsky. En 1812, durante la ocupación de Moscú por el ejército napoleónico, la iglesia sufrió daños y fue anexada a la iglesia de Juan el Teólogo. Los servicios religiosos se reanudaron en 1875.

El 15 de noviembre de 1883, la iglesia fue entregada al Patriarcado de Constantinopla para establecer un convento. En 1920, se retiraron valores de la iglesia, lo que provocó disturbios entre los feligreses. En 1934, murió el último sacerdote griego, y el templo fue cerrado en 1938. A finales de la década de 1930, aquí se instaló una producción de afilado de patines. La iglesia fue consagrada el 30 de agosto de 1991 por el Patriarca Alexis II y se convirtió en un convento patriarcal.

En 2001, se restauró el campanario, y en 2010 se consagró el altar en honor a todos los santos. En 2013, se inauguró la pintura del altar de Serafín. En la pared norte de la iglesia se han instalado tablones con inscripciones sobre los feligreses enterrados, entre los cuales se encuentran representantes de la familia Ujdomsky. El necrópolis de la iglesia de Sergio es uno de los más conocidos en Moscú.

Desde 1991, en la iglesia se guarda la Cruz de Kiev, un relicario significativo del cristianismo, fabricado por orden del Patriarca Nikon. La cruz contiene partículas de las reliquias de 104 santos y 16 piedras de Palestina. Entre otras reliquias de la iglesia, se encuentran las imágenes de la Madre de Dios de Feodorovskaya y del venerable Sergio de Radonezh.