Le temple en pierre dédié à la Sainte Vierge a été posé au milieu du XVIIIe siècle à côté de l'ancienne église en bois dans la partie sud de la ville, le long de la route vers Irkoutsk. Les fonds pour la construction ont été offerts par le marchand de première guilde Dmitri Barabanov, et la consécration de l'église a eu lieu en 1773. Les deux églises possédaient un riche mobilier, par exemple, l'église en bois avait un iconostase avec une grande icône du "Jugement dernier".

À l'origine, le temple de la Vierge représentait une petite structure à deux niveaux avec une voûte en brique et un dôme octogonal. La partie supérieure octogonale reposait sur une base carrée, ce qui est caractéristique du baroque "narychkine". Une attention particulière était attirée par la décoration de la façade, en particulier les encadrements des fenêtres du niveau inférieur avec des kokoshniks en forme de coin. Les maçons étaient des maîtres dans leur domaine et utilisaient des briques sculptées pour créer des motifs. On suppose que l'église a été construite par des maîtres moscovites dans le style en brique et n'a pas été enduite à l'origine.

En 1862, sur ordre de l'archevêque Innocent Veniaminov, l'église a été considérablement agrandie. Du côté ouest, une partie de salle à manger étroite a été ajoutée avec des chapelles nord et sud, reliées par des ouvertures en arc. La composition était complétée par une massive cloche à trois niveaux avec un haut clocher. La décoration des façades de cette partie était sobre. La reconstruction a été réalisée avec les fonds de la veuve Anna Chepalova. En 1922, pendant le siège de Yakoutsk par les troupes blanches, l'église en bois de la Vierge a été détruite et utilisée comme combustible.

Pendant les années soviétiques, le bâtiment de l'église en pierre a abrité un laboratoire d'essai de matériaux de construction, des fonds géologiques et une exposition-musée géologique. Depuis 1953, une Station de rayons cosmiques y a fonctionné, et en 1962, le bâtiment a été entièrement occupé par l'Institut de recherches cosmo-physiques et d'aéronomie de la filiale yakoute de la section sibérienne de l'Académie des sciences de l'URSS. Une partie du fonds de la bibliothèque scientifique y était également conservée.

En 1997, le temple a été remis à l'Éparchie de Yakoutsk, mais ce n'est qu'en mai 2004 que les laboratoires ont libéré les locaux. Avec la bénédiction de l'évêque Zosima, chaque dimanche, le prêtre Michaïl Pavlov et les croyants lisaient un akathiste à la Mère de Dieu dans le bâtiment en ruine. En novembre 2009, il a été possible de restaurer l'apparence extérieure de l'église, et en décembre, le premier service religieux a eu lieu dans l'une des chapelles latérales. Dans la chapelle centrale, il est prévu d'installer l'iconostase survivante de l'église de Jean-Baptiste, qui est en cours de restauration à Nijni Novgorod. Deux iconostases sculptés dorés ont également été fabriqués pour les chapelles latérales, que l'évêque Roman a consacrées le 14 octobre 2013. Il est intéressant de noter que l'église qui a partagé son iconostase n'existe plus, à sa place se trouve l'hôtel "Étoile Polaire".