Die steinerne Kirche im Namen der Heiligen Gottesmutter wurde Mitte des 18. Jahrhunderts neben der alten hölzernen Kirche im südlichen Teil der Stadt, entlang der Straße nach Irkutsk, errichtet. Die Mittel für den Bau spendete der Kaufmann der ersten Gilde Dmitri Barabanov, und die Weihe der Kirche fand 1773 statt. Beide Kirchen verfügten über reiche Ausstattung, zum Beispiel hatte die hölzerne Kirche einen Ikonostase mit einem großen Bild "Das Jüngste Gericht".

Ursprünglich war die Gottesmutterkirche ein kleines zweigeschossiges Bauwerk mit einem Ziegelgewölbe und einer achteckigen Kuppel. Der obere achteckige Teil stand auf einem quadratischen Fundament, was für den "Naryshkin"-Barock charakteristisch ist. Besonders auffällig war die dekorative Gestaltung der Fassade, insbesondere die Fensterlaibungen des unteren Geschosses mit kieferförmigen Kokoschniks. Die Steinmetze waren Meister ihres Fachs und verwendeten figürliche Ziegel zur Schaffung von Mustern. Es wird vermutet, dass die Kirche von Moskauer Meistern im Ziegelstil erbaut und ursprünglich nicht verputzt wurde.

1862 wurde die Kirche auf Anweisung des Erzbischofs Innocentius Weniaminow erheblich erweitert. An der Westseite wurde ein schmaler Speisesaal mit nördlichen und südlichen Kapellen, die durch bogenförmige Öffnungen verbunden waren, angebaut. Die Komposition wurde durch einen massiven dreigeschossigen Glockenturm mit hohem Spitzdach vollendet. Die Dekoration der Fassaden dieses Teils war schlicht. Der Umbau wurde auf Kosten der Witwe Anna Tschepalowa durchgeführt. 1922, während der Belagerung Jakutsk durch die weißen Gardisten, wurde die hölzerne Gottesmutterkirche zerstört und als Brennmaterial verwendet.

In den sowjetischen Jahren beherbergte das Gebäude der steinernen Kirche ein Labor zur Prüfung von Baustoffen, geologische Sammlungen und eine geologische Ausstellung. Ab 1953 arbeitete dort die Station für kosmische Strahlen, und 1962 wurde das Gebäude vollständig vom Institut für Kosmophysikalische Forschung und Aeronomie der Jakutischen Filiale der Sibirischen Abteilung der Akademie der Wissenschaften der UdSSR besetzt. Auch ein Teil des Bestands der wissenschaftlichen Bibliothek wurde in der Kirche aufbewahrt.

1997 wurde die Kirche der Jakutischen Diözese übergeben, aber erst im Mai 2004 wurden die Labore aus den Räumlichkeiten entlassen. Mit dem Segen von Bischof Zosima las der Priester Michail Pawlow jeden Sonntag mit den Gläubigen den Akathistos zur Gottesmutter im zerstörten Gebäude. Bis November 2009 gelang es, das äußere Erscheinungsbild der Kirche wiederherzustellen, und im Dezember fand der erste Gottesdienst in einer der Seitenkapellen statt. In der zentralen Kapelle ist geplant, den erhaltenen Ikonostase aus der Johannes-der-Täufer-Kirche zu installieren, die sich in der Restaurierung in Nischni Nowgorod befindet. Dort wurden auch zwei vergoldete geschnitzte Ikonostasen für die Seitenkapellen angefertigt, die Bischof Roman am 14. Oktober 2013 weihte. Interessanterweise existiert die Kirche, die den Ikonostase geteilt hat, jetzt nicht mehr; an ihrer Stelle befindet sich das Hotel "Polarstern".